蔡元培一生尽忠国事，待人厚道，深受士林尊敬。但有一点知道的人不多，他也曾遭受过一次严重的“围攻”。
1922年6月3日，北京教育界在国立美术学校隆重举行“六三”纪念会。在这次集会上，蔡元培、李大钊、胡适等两百多名教育界、文化界人士致电孙中山和南方的非常国会，指出北方的非法总统徐世昌已被赶下台，护法目的已经达到。并且北方军队表示拥护代表民意的新政府，南北诉求一致，已无再动用武力之必要，望孙中山发表与徐世昌同时下台的宣言。
这里很有必要交代一下事件发生的背景。
下野总统徐世昌是前清翰林，袁世凯的幕僚之一，此君遇事比较冷静，精明能干，颇受袁世凯器重。1914年5月，袁世凯改内阁制为总统制后，曾任命他为国务卿。徐世昌与皖系军阀关系较深，曾推荐段祺瑞任国务卿。1918年10月，他被皖系军阀操纵的安福国会选举为总统。1921年5月，孙中山觉得《中华民国临时约法》遭到北洋军阀的严重破坏，在广州自任“非常大总统”，希望通过“北伐”用武力统一中国，南北议和的形势再度紧张。不过，当时“粤中报纸三十余家，主和者十居其八，人民赞成议和者既居多数”，迫于压力，孙中山承诺只要徐世昌下台，他亦将同时下野。1922年第一次直奉战争后，直系获胜，左右了北京政府，曹锟、吴佩孚指责徐世昌的总统为非法窃据，威迫其辞了职，并提出恢复第一届国会、请前总统黎元洪复职的主张。目的是想既赶走现任总统徐世昌，又取消孙中山为首的南方护法军政府，然后将曹锟“选”为总统。徐世昌去职后，未能洞悉军阀深层阴谋的蔡元培觉得孙中山应该履行承诺宣布下野。
