漕运的历史甚为悠久，秦汉时就已开始实行。何谓“漕”？胡三省注《史记》“漕挽”云：“水运曰：漕，陆运曰：挽”。元明清之际，由沿海省份征收米石，沿水路运河直达北京通州，故称“漕粮”。因其重要，故自明代起，设漕运总督官职，专司职掌漕运。清朝入主中原，亦靠漕运，沿明制设漕运总督，并专设“总漕部院衙门”机构。该官品秩为正二品，如兼兵部侍郎（类今国防部副部长）或都察院右副都御史（类今监察部副部长）衔，则为从一品。乾隆十年后，都察院不设专员，御史规定由巡抚、河道总督、漕运总督兼衔。
漕运总督尊称“漕帅”
漕运总督权威重，有负责保障漕运的亲辖军队，仿地方总督、巡抚之亲辖部队“督标”“抚标”，而称之为“漕标”。《光绪会典》载：漕运总督所亲辖“漕标”共分本标左、中、右三营及城守、水师等共七营，兵额3400余人。辖制武职官佐，最高者为从二品的副将，并节制鲁、豫、苏、徽、赣、浙、鄂、湘八省漕粮卫、所（因上述八省漕粮归漕运总督管辖，其余省份粮务归地方总督、巡抚）。
漕运总督设衙门，非今人所想象称“总督衙门”，而称“总漕部院衙门”，衙址设于江苏淮安，不受当地巡抚、总督管辖，不受部院节制，直接向皇帝负责，可专折和密折奏事。总督按清代官场规矩，尊称“漕台”，因其领兵，故又尊称为“漕帅”。又因兼兵部侍郎及都察院右副都御史衔，故出行仪仗、官衔灯笼署“总漕部院”。沿海收粮起运、漕船北进、视察调度、弹压运送等，均需总督率官佐“漕标”亲稽。
