1952年高等院校院系大调整，燕京大学被分解，校园划归北京大学。1990年，燕京大学旧址被公布为北京市文物保护单位。
在民国时期的高等教育体系中，教会大学是非常重要的一支。它们的建校历史多数比国立大学更早，甚至也早于其他类型的私立大学。在教会大学的发展历程中，传教色彩越来越淡化，而其教育功能和服务社会的功能越来越突出，因而校园建筑也更加趋向中国传统样式。在北京地区，除了享有极高声誉的燕京大学以外，还有一所天主教大学也很有名，它就是辅仁大学。
20世纪20年代，辅仁大学与清华大学、北京大学、燕京大学合称为北平四大名校。其前身是1913年由天主教信徒英敛之创办的辅仁社，校名取自《论语·颜渊》中的“以文会友，以友辅仁”，开办初期地址在香山静宜园，学员20余人，课程主要是学习国学，1917年冬天停办。1925年，英敛之与马相伯（复旦大学首任校长）向罗马教廷与美国公教本笃会提议，创办北京公教大学辅仁社。1927年，中国政府批准备案，学校更名为私立北京辅仁大学。
辅仁大学校址在清贝勒载涛府邸，当时以16万美元永久租用。学校男女分校管理，男生部在涛贝勒府，女子学院在恭王府内，女生宿舍是瞻霁楼、宝约楼，环境幽雅。1930年辅仁大学新楼落成，由比利时建筑师设计，风格为中西合璧的宫殿式建筑。主楼的正门为汉白玉大拱门，有四面围楼和中间楼房围成两个天井，三个歇山式屋顶，屋脊正中竖十字架，四角加歇山式角楼，气势恢宏。辅仁大学建筑群与燕京大学建筑群及北京协和医学院建筑群，并称为北平三大建筑群。与燕京大学的命运一样，1952年辅仁大学被分解，原校址划归北京师范大学。
在长江流域，也有一所著名的教会大学──金陵女子大学。1915年，金陵女子大学在南京开办，初期校址选在南京东南绣花巷李鸿章花园旧址，1923年7月移至随园（清代诗人袁枚曾是其主人）。金陵女子大学在随园开办时，聘请设计校园的也是美国建筑师墨菲，中国建筑师吕彦直（南京中山陵的设计师）参与设计。他们营造了一组7幢中国古典宫殿式建筑（会议楼、科学馆、文学馆、图书馆、大礼堂、学生宿舍），而且楼宇之间以中国古典式外廊相连，不仅美观，而且实用。南京雨水多，下雨天，师生在楼宇之间走动，因为有走廊连接，不需要带雨具，形成了独特的校园风景。
