其次，女性专用车厢的存在并不能保证所有女性都能够顺利乘坐专用车厢。以日本为例，有些公司只在交通高峰提供女性专用车厢，有的只在快速线路上提供专用车厢。不仅如此，女性专用车厢的数量在整个车厢中的比例很低，一般一趟车中仅有一到三个车厢专门为女性提供服务，这样一来，女性专用车厢比一般车厢要更为拥挤。这就意味着，大部分的女性还是需要乘坐男女混乘的车厢。这样的情况下，女性专用车厢的效果恐怕就大打折扣了。
再次， 女性专用车厢的设立，可能会改变地铁这一公共空间中，男性与女性的关系，一旦性骚扰再度发生，人们则更容易谴责受害者而非施害者。有研究表明，一些男性认为有了女性专用车厢之后，就不应该再乘坐普通车厢。甚至认为不乘坐的专用车厢的女性，缺乏对自己安全的重视，一旦被骚扰，其自身要对自己的安全负责。本来女性受到侵害之后，就经常被谴责“穿得过于清凉”，这样一来，受害者受到谴责就更加顺理成章了。
此外，虽然女性专用车厢有很明确的标识，但是这样的性别隔离并非法律性的或行政性的。由于地铁专用车厢的非强制性， 往往并没有专门的人员来保障男性不登上专属女性的车厢。 这样一来，很多男性还是会登上女性专用车厢 ，设立专用车厢的目的就没那么容易达到了。在各国，都有报道男性登上女性专用车厢的例子。譬如在巴西，虽然于2006年就开始实施女性专用车厢，但是直到2013年，还有很多男性误乘女性车厢 。日本的Keio Corporation的发言人也曾经表示：“我们不能阻止男乘客登上女性专用车厢，我们只能希望误上了女性专用车厢的男性能够行为体面，在发现自己上错车厢之后，主动离开。如果专用车厢中的女性感觉必要的话，最好在列车停靠下一站的时候，告诉我们的雇员。” 更为重要的是，一些残障人士并不能轻易区分女性专用车厢和普通车厢，他们所遭遇的困难和尴尬，恐怕也不能轻易忽略。
