1912年5月4日，原京师大学堂总监督严复正式就任北京大学第一任校长。任命书上由大总统袁世凯盖印，内阁总理唐绍仪和教育总长蔡元培署名。早在京师大学堂创建之初，严复就被视为总教习最佳人选。但直到14年后，58岁的严复才出掌中国最高学府。从5月当校长，到10月辞职，严复在首任北大校长岗位上仅五个月，但是他对于北大则意义非常。
采访中，北京大学常务副校长吴志攀说：“严复至关重要。他做了三件对北大有深远影响的事：一是主持了北大改革，归并了科目；规定在校教员须专职教学，不得在政府内兼职；开设外语和西学课程。二是办学方针上他提出‘兼收并蓄，广纳众流’，开启蔡元培办学思想之先河。三是顶住了教育部停办北大的压力，保住北大存在。”
其中，“保住北大的存在”尤为曲折。
1912年6月2日，财政部通令京内外各衙门，“凡薪水在60元以下者，照旧支给，其在60元以上者，一律暂支60元。”这条命令在北大引起一片混乱。
严复忧虑之极，他认为“学校性质与官署迥殊，强令从同，立形窒碍”。为此他撰写《上大总统和教育部书》说帖写道：“为今之计，除校长一人准月支六十元，以示服从命令外，其余职教各员，在事一日，应准额全支，以示体恤，而昭公允。”建议被采纳，北大教职员工薪水全额发放。
教育部高官显然对严复不满。1912年6月底，教育部出现解散北京大学的传言；7月7日，教育部突然下达停办北京大学的命令。教育部称：该校学生班次虽有增加，但毫无成绩可言，国体变更之后，社会各界对该校均表示不满，遂决定停办。
严复大为愤慨，向袁世凯和教育部提交了一份《论北京大学校不可停办说帖》及《分科大学改良办法说帖》。不可停办帖指出“全国之大，必有好古敏求之士，从而为之者，即使向往无人，亦宜留此一线不绝之传。”
据理力争之下，7月10日，教育部取消停办动议。7月29日，英国教育会议宣布承认北京大学及其附设译学馆均为大学，伦敦大学也宣布承认北京大学。国际社会间接地肯定了严复的办学成绩。
8月，严复在春季向华俄道胜银行所借为期半年的7万两借款即将到期，而国库空虚，学款仍无着落，遂四处奔走，向英国汇丰、法国汇理、华俄道胜等银行商借学款，均遭拒绝。
8月26日，为尽快筹措办学经费，以便秋季开学之需，严复又向比利时在华开设的华比银行商借20万两贷款，除偿还道胜银行将到期的7万两借款外，其余的留作秋季开学经费。
9月中旬，严复又被袁世凯聘为总统府顾问。在严复为北大存亡奔走过程中，他与教育部矛盾越来越多：教育部官员对财政部减薪令后，本部员工薪水只能月暂支60元，北大教师却还能全额支付，嫉妒不已；现在严复被聘为总统府顾问，他们便以此违反了教育部“关于北京大学职员不得在校外兼职”的命令，拟更换严复校长职务。
严复在9月下旬写信给外甥女何纫兰，谈及此事原委：“大学校事虽麻烦，然舅近者日必到校，实是渐已就绪，可望实力进行。不幸教育部多东学党人，与我本相反对；部薪析半，而大学堂全支，已是气愤不过。近又见舅得总统府之顾问官，以为月入必丰，于是更加媢嫉，百般设法动摇，欲令部中将大学校长更易。”
与教育部有隙，加上《国风日报》和《北京新报》造了许多谣，现在又风闻教育部要换校长，作为自尊心极强的学者，严复绝不肯受辱，遂在10月7日提出辞职。
多数学生得知严复辞职，欲加挽留，几成风潮。教育部发通令将更换校长的原因归结为“因严校长新授总统府顾问之职，责任繁重，若再以校事相属，恐有顾彼失此之虞”。且称赞严复“学问资望，世所钦佩”。有学者分析，教育部对严复几次反复刁难，实质上是以教育总长范源濂为代表的留日派，对严复的排挤。不过考证史实，1912年7月7日，教育部发出“结束北京大学校办法”时，教育部长乃是蔡元培。三天后，该办法被停止。又四天，蔡元培本人辞职。由蔡友人、副手范源濂于7月26日继任。蔡回忆录曾述：“民国元年我在教育部时，请范君静生（范源濂）相助，我偏于理想，而范君注重实际，以他所长，补我之短。”
现在看来，第一任北大校长严复其实是被卷入了民初政治斗争的漩涡中：早在辛亥之前，他就曾是革命党的重点攻击对象；武昌起义后，他又曾被选为袁世凯的谈判代表，在作为南方革命党人代表的教育部长蔡元培及其友人范源濂看来，严复并不是自己人。
1919年7月，此事多年后，严复在信中私下评价蔡元培：“蔡孑民人格甚高，然于世事，往往如庄生所云：‘知其过，而不知其所以过。’偏喜新理，而不识其时之未至，则人虽良士，亦与汪精卫、李石曾、王儒堂（正廷）、章枚叔诸公同归于神经病一流而已，于世事不但无补，且有害也。”
1912年5月任北大首任校长，10月辞职。五个月里，严复任期虽不长，但为北大之存续，功不可没。5月4日，既是五四运动纪念日，也是第一任北大校长严复就职之日。
