奴儿干都指挥使司
直到明朝末年，努尔哈赤才利用其和李成梁的关系就明朝内部农民起义的机会，统一女真各部成立了后金。
而关于新疆，其实在清朝并不是新疆，明朝对于新疆一直有有效的统治，朱祐樘在位时期，明军先后三次收复哈密，其中第三次也是规模最大的一次武力收复。羽奴思统治国吐鲁番地区后，开始与明朝争夺对哈密地区的控制权。1488年，朱祐樘令罕慎袭封哈密忠顺王 ，“给金印，冠服”，对新疆的实际控制。同年，羽奴思之子阿黑麻躬至哈密城下，诱罕慎盟，执杀之，复据其城，而遣使到明朝入贡 。明朝识破其诡计，只得献还哈密金印。1493年，阿黑麻再次攻占哈密 ，令其尊长牙兰守护哈密，并不时抢掠沙州等地威胁各卫归顺，为患不已。1497年，明马文升前往平抚，汇同河西诸卫及诸部落族数千人，袭哈密城，牙兰等人逃跑，哈密收复 。当时朝廷中有人主张放弃哈密，但朱祐樘主张坚决出兵收复哈密，并立即委派马文升为元帅，大败吐鲁番军，收复了哈密。
而对于青藏，明朝设置了朵甘乌斯藏行都指挥使司、长河西鱼通宁远宣慰司（康定一带）、董卜韩胡宣慰司（金川一带）。在克什米尔东部一带和阿里地区还有俄力思军民元帅府。明朝前期在西藏册封了大宝法王（噶玛派）、大乘法王（萨迦派）、大慈法王（格鲁派）三个宗教领袖和阐化王（帕竹政权）、护教王、赞善王、辅教王、阐教王五个地方领袖。
朵甘乌斯藏行都指挥使司
而清朝成立以后，除了对蒙古和东北是有效的统治，对于西藏和新疆也是沿用明朝的政策，而在清朝末年，清朝签订一系列不平等条约，把从元朝就建立实际统治的外东北等地区全部割让出去，才造成了现在雄鸡的这个版图。
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