不过，漕运总督的官署并不叫总督衙门，而是“总督漕运部院”，遗址位于现江苏省淮安市，占地约三万平方米，与当地的标志性建筑镇淮楼、淮安府衙大堂在同一条中轴线上。其规模宏大，保存完好，布局严谨。按清代官场规矩，人们尊称漕运总督为“漕台”，因其领兵，故又尊称为“漕帅”。又因其兼兵部侍郎及都察院右副都御史衔，故出行仪仗、官衔灯笼署“总漕部院”。沿海收粮起运、漕船北上、视察调度、弹压运送等，均需总督亲稽。每年漕船北上过津后，漕运总督要循例入觐皇帝，汇报漕粮完成诸事。咸丰年间，因战事频仍，咸丰皇帝特令漕运总督节制江北镇、道，这是漕运总督权威最重之际。漕运总督不受部院节制，向皇帝负责，可专折奏事。直到光绪三十年漕运全停，漕运总督才被裁撤。
由于漕运总督一职非常重要，明清两代多选能干官员担任。明代名臣陈瑄、李肱、李三才、史可法均担任过此职；清代施世纶、琦善、穆彰阿、思铭、杨殿邦等人也先后任过漕运总督之职。漕运总督权力显赫，不但管理漕运，而且还兼巡抚，因此也称漕抚。总督漕运部院机构庞大，文官武将达270多人，下辖储仓、造船厂、卫漕兵厂等，共约两万多人。最有名的漕运总督是阮元，他是乾隆、嘉庆、道光年间的名臣，先后任礼部、兵部、户部、工部侍郎，山东、浙江学政，浙江、江西、河南巡抚及漕运总督、湖广总督、两广总督、云贵总督等职。他在经史、数学、天算、舆地、编纂、金石、校勘等方面都有着较高的造诣，被尊为三朝阁老、九省疆臣、一代文宗。
虽然总督漕运部院位于淮安，但通州在漕运史上自有其独特地位。沿运河运到通州的漕粮，都要验粮然后转运到京通各仓。从职能上来看，各省督粮道掌管各省收粮及押运粮食，归漕运总督管辖，而漕粮运到通州后，要由直属户部的坐粮厅署验收，再转运到京通各仓收储，粮仓则由仓场总督衙门管理。
