朝廷每年都对一定数量的漕船进行更换或者维修。遇到江河漂流和战争破坏这两种情况，漕船会发生较大数量的损失。漂流的主要原因是，漕船在大江大河段航行时，往往会因风浪沉没；战争的破坏性更大，如明末后金军队入关，以及清后期的太平天国起义等，都曾切断了运河交通。随着运河淤塞、战乱频繁、管理失控情况的加剧，漕船缺额数目也越来越大，漕船修造制度日趋崩溃，最终在清末被海轮、火车等先进交通工具取代。
豪华的皇船和威风的官船
运河上装饰最为豪华、制作最为精美的船只，是专门供皇家使用的大黄船和小黄船，这些皇家船只用作皇帝出巡或者到南方征购皇宫御用的物品，如瓷器、海鲜、珍珠等。大黄船运载量在400料左右，小黄船100到200料之间（1料约合60公斤）。通州以前在运河最北端湾内曾有黄船坞，专门用于停泊大小黄船。皇家用船中还有一类是速度较快的快马船，既可作为装载进贡器物的运输船，也常常用作传递官方信息的哨船。
政府官船可说是五花八门。外形最具特色的就是瓜皮小艇，这种船是通州坐粮厅税科官员文书稽查征税的标识小船。小船舱棚居中，用两层竹片交搭为半圆形作龙骨，中间夹布或席，形似半个大西瓜扣在船上，故而俗称“瓜皮小艇”。小艇一般配备两位篙夫，小巧玲珑，能够轻便地穿行在各种船只当中，威风凛凛，不可一世。
每当漕船接近通州的时候，押运官、领运官就开始沿途盗卖粮米，或者转卖随船夹带的土特产，因而常常发生浅水处争航不让导致漕船慢行的情况。为防止漕粮交纳延误，这时就会有通州坐粮厅的漕粮官员乘船顺水而下，沿途查验督促来自全国各地的漕运船队，指挥暂泊，甚至一直到天津督催。这些监督漕运的官员乘坐的小型巡船和大型座船，常常放开船帆，划得飞快，毕现骄横跋扈之态。
