每年漕船北上过津后，循例要入京觐见，向皇帝汇报漕粮运输完成诸事。清代皇帝非常重视漕务，如康熙皇帝，亲政时将“漕运”“三藩”“河务”并列为必须要解决的三件大事。今人说到道光皇帝，多与鸦片战争相联系，其实道光不仅节俭自律，对政务更是亲力亲为，“旰食宵衣，三十年如一日，不敢自暇自逸”。除了惩贪、吏治、清厘盐政等，他在“漕运”整顿上也花费了很大精力。他登基后首先急迫要抓的三件大事：调整中枢、治理河漕、平叛新疆，漕运亦列其二，可见重视。所以对漕运的官员甄选、查核，包括具体事务，并不松懈。他的政绩不仅在治河通漕，还开通海运输漕，在清代不失为创举。
明清巡漕御史监督漕运
咸丰年间因战事频仍，咸丰皇帝特令漕运总督节制江北镇、道。咸丰十年裁撤江南河道总督，其河工调遣、督护及守汛、防险事务，均由漕运总督所属漕标部队兼管，这是漕运总督权威最重之际。漕运总督出过不少名宦，清浊各分。直到光绪三十年河运全停，“总漕部院衙门”和漕运总督才被裁撤。这个机构对运河漕运生命线的畅通起到了不可替代的作用。
漕运总督节制八省漕粮，于每省设负责漕运的督粮道（又称“粮储道”），正四品。督粮道职责是监稽收粮，督押粮船直驰山东临清，待山东粮道盘验结束回任。山东粮道须待最后一批粮船抵通州才告回任。最后一批粮船按规定由漕运总督亲押至通州，并向皇帝述职后才可回任淮安衙门。
为监督漕运，明代还专设巡漕御史，负监察之责，权力极大，不受漕运总督节制，直接向皇帝负责，有权弹劾总督。清代亦仿明制，设巡漕御史四人，分赴稽查，襄办漕务。品秩不高，但职权令人忌惮，可风闻专折密奏。
