其次，由于当时葡萄牙拥有天主教在远东地区传教的所谓“保教权”，大部分到中国及亚洲其他地区的传教士都必须经葡国首都里斯本至澳门再转到目的地；再加上1575年，教宗格里高利十三世颁布诏令成立澳门教区，因此，从16世纪中叶以后，澳门一直是天主教传教士在中国以至远东地区传教的基地，涉及耶稣会、圣奥斯定会、圣多明我会、圣方济各会、遣使会等不同天主教修会。所以，今天的澳门历史城区内，圣奥斯定教堂、玫瑰堂均有过去天主教修会会院的遗址；而由大三巴牌坊和大炮台共同构成的圣保禄学院遗址，以及至今仍然保存完整的圣若瑟修道院，记录了天主教耶稣会在中国的传教事业和中西文化交流的事迹。同时，圣老楞佐教堂、圣若瑟修院圣堂、圣奥斯定教堂、玫瑰堂以及圣安多尼教堂组成中国最古老并且至今仍然运作的天主教教堂群，有超过三百年的历史。
至于19世纪初传入中国的基督新教，其第一位来华传教士、英国人马礼逊牧师除了以澳门为传教基地外，其遗体亦葬在澳门的基督教坟场内；而历史城区内以在澳门受洗的中国第一位新教徒蔡高命名的中学，亦见证了澳门与基督新教一段深厚的渊源。
再次，从澳门历史城区的空间分布可以看出，这是一个集合多种不同思想信仰、生活习惯的居民生活空间。供奉中国海神的妈阁庙与葡萄牙人航海主保的圣老楞佐教堂相隔咫尺；葡萄牙人生活区的亚婆井前地旁坐落着中国近代著名思想家郑观应的大宅；圣若瑟修院则是专为培养中国修士而设的神学院；岗顶前地上有葡人“大会堂”的岗顶剧院，也有中国富绅何东的旧居；至于议事亭前地，除了至今还是澳门市民欢庆集会的中心广场外，其周围既有中国商人聚会交流的三街会馆（关帝庙），也有葡人的慈善机构仁慈堂；与美丽的玫瑰堂相邻的是澳门华人最早的市集营地街市；不远处，中国富商大宅卢家大屋则与天主教主教座堂（大堂）垂直而立；与巍峨的大三巴牌坊并峙的是精致小巧的哪吒庙；东望洋炮台的圣母雪地殿教堂则有着结合西式内容中式图案的壁画——总之，中西兼容、相互尊重，正是澳门历史城区的特点。
最后，澳门历史城区包括妈阁庙前地、亚婆井前地、岗顶前地、议事亭前地、板樟堂前地、耶稣会纪念广场、白鸽巢前地，构成一组完整的空间组合，东西兼备，连贯紧凑，错落有致。当中，以议事亭前地、板樟堂前地、营地街市三位一体而形成的空间综合体最为独特，具有明显的南欧中世纪城市中心空间的特征，就是政治、商业、宗教三位一体，是整个城市的心脏地带，其空间的南欧色彩是亚洲城市中独一无二的。如果注意到高楼大厦已经湮没了具有相同历史与建筑风格的许多其他东方城市，澳门保存历史与文化的成果就显得难能可贵。
