之后，有关大运河“申遗”很快成为热门话题。这条见证了无数历史沧桑的“文化血脉”先是成为了第六批全国重点文物保护单位，后很快又被国家文物局列入了《中国世界文化遗产预备名单》。
2007年年底，由全国政协委员和各界专家近40人对隋唐大运河进行了为期9天的考察。2008年6月和10月，全国政协又组织了大运河保护与申遗跟踪调研，委员们分四个组赴浙江、江苏、山东、河北进行调研。同年9月，全国政协在江苏淮安召开了第四届大运河文化节大运河保护与申遗高峰论坛。2009年11月，又在安徽淮北举办第五届大运河文化节大运河保护与申遗高峰论坛。
2012年4月上旬，全国政协文史和学习委员会邀请有关部委的部门负责同志介绍了大运河保护与申遗相关工作的进展情况。4月下旬至6月，先后到大运河沿线的8个省、直辖市进行调研，共实地考察了22个省辖市（直辖市辖区）29个县（县级市）的35处运河遗产点和16段河道，听取了各省、直辖市和运河城市（县）政府及有关部门的情况介绍，并召开座谈会交换对大运河保护与申遗工作的意见和建议。
王合忠说，有关大运河申遗的方案涉及那么多的省市、单位和利益方，要把相关单位推动起来需要做大量的协调工作。从申遗和保护角度来看，全国政协摆好了自己的位置，发挥了人才荟萃、联系面广的优势，为推动申遗做了大量工作。“大运河保护与申遗调研活动，可以说是全国政协参政议政活动的一大亮点。”他说。
“大运河、丝绸之路申遗是史无前例的遗产保护过程。”国家文物局副局长童明康在当天的会议发言中表示，大运河的申遗使世界遗产的保护理念在中国大运河沿线8个省(市)、1.7亿民众中得到广泛传播并深入人心。而作为世界上最伟大的贸易之路、对话之路、和平之路和发展之路，丝绸之路跨国联合申遗进一步增进了中国和哈、吉等中亚国家的传统友谊，成为新时期中国与中亚地区各国和平对话、共同发展的新纽带。他表示，未来将进一步深入探讨巨型线性文化遗产，尤其是活态文化遗产的保护、管理和利用模式，让蕴含丰富精神内涵的大运河流向可持续发展的未来，让古老的丝绸之路再次绽放灿烂的光彩。
“无论对大运河还是丝绸之路而言，申遗成功不是终点，而是个新的起点。”刘庆柱以大运河为例说，未来应强化协作机制，加强管理，协调好大运河在历史文化价值保留、旅游景观利用以及运输功能使用三者间的关系。他认为，对运河的改造必须要在保留其历史文化价值的前提下开展，不能改造得面目全非。至于有些文化遗迹保存较好、审美价值高的河道，可将它们作为地方的历史文化符号来加以保存，沿河的各项建设要与其保持协调一致。对于被废弃的河道遗址，保留其历史遗迹尤为重要，要为它们留出一定范围的保护区域。“总之，保护要放在首位。”刘庆柱强调。
