古代汉医方剂著作《肘后备急方》载“六味熏衣香”展现的就是当时的一种香丸用法：
“沉香一两、麝香一两、苏合香一两半、丁香二两、甲香一两（酒洗、蜜涂、微灸）、白胶香一两、右六位药捣，沉香令碎如大豆粒，丁香亦捣，余香仡，蜜丸烧之，若熏衣加艾纳香半两佳”（香丸，熏烧，陶弘景方，约公元500年）
另外还有内服香丸，“令人香方”：
“白芷、薰草、杜若、杜衡、藁本等分。蜜丸为丸，但旦服三丸，暮服四丸，二十日足下悉香，云大神验。”
这一时期香也多应用于医疗，陶弘景在《抱朴子》中，记述以雄黄、松脂等制成药丸，以熏烟治“悲思恍惚”等症。
魏晋南北朝，是一个文化多元，思想自由的时代，这一时期的香也走进了文人士大夫的生活。文人们除了熏香，用香，还参与制香。
文人的参与，极大地促进了香的发展，在医疗应用之外，增加了文化及自身香学的学术支撑。研究香的专著开始出现，比如范晔撰写了制香的专著《和香方》，其中应有较多涉及香丸的制作方法。但遗憾的是，原著已佚，无从考证。
明《香乘》中引范晔的《和香序》
隋唐时期，借助于强盛的国力和发达的陆海交通，国内香药的流通和域外香药的输入更加便利，随着众多文人、医师、佛道人士的参与，唐代的香品在制作和使用上都进入了一个精细化、系统化的阶段。制香用香有了更多的演变和发展。
孙思邈《千金要方》所记“薰衣香”方就有五授，其方一就是香丸：
“零陵香、丁香、青桂皮、青木香……各二两，沈水香五两……麝香半两。右十八味为末，蜜二升半煮，肥枣四十枚令烂熟，以手痛搦，令烂如粥，以生布绞去滓，用合香，干湿如捺麨，捣五百杵成丸，密封七日乃用之”。
同时，对于香的品质，人们开始从香、形、烟、火等多个方面，更加精细地考量。如《千金翼方》中提到薰衣香丸的制作：
香粉需粗细适中，燥湿适度，香药应单独粉碎，“燥湿必须调试，不得过度，太燥则难成丸，太湿则难烧，易尽则香气不发，难尽则烟多，烟多则唯有焦臭，无复芬芳，是故香须粗细湿燥合度，蜜与香相称，火又须微使香与绿烟共尽”，制作工艺考究程度可见一斑。
唐时京城长安有一著名的药商宋清，对制香一事颇有造诣。他曾用龙脑、麝香、沉香调和制作香丸名为“三匀煎”，焚此丸香有富贵清妙之意。
其事迹被宋人陶谷记录在《清异录》中：“三匀煎：长安宋清以鬻药致富，尝以香剂遗中朝，簮绅题识器曰三匀煎，焚之，富贵清妙，其法止龙脑、麝末、精沈等耳。”
