更让魏连科没有想到的是，《万历十五年》不仅影响了一代代读者，也影响了一代代学者的学术方向。
上海大学历史系教授朱学勤1982年时在陕西师大历史系读研究生，“初读《万历十五年》，如受电击，至今记忆犹新。”上海交通大学教授、科技史学者江晓原清楚记得，当年他读了许多令他昏昏欲睡的论文，甚至充满了沮丧，“难道我也要以写这样的东西为业吗？”恰在此时，《万历十五年》出现了，“它像一盏指路明灯，让我看到，学术文本其实还可以这样写！这坚定了我选择学术生涯的信心。”时至今日，江晓原也认为《万历十五年》给自己带来的最大影响，是让他关注到了学术成果的文本形式。事实上，几十年来他一直反对学术著作不注重文本、不注重叙述的做法，而他坚持《万历十五年》指明的方向，出版的多部学术著作也赢得了读者。
中国社会科学院近代史研究所研究员马勇当年带着工资上大学，一看到喜欢的新书都会收入囊中，这其中就包括《万历十五年》。“我不研究明史，不会抠里面的细节，我所关心的人物是明末清初的异端思想家李贽，通过这本书我了解到，正是因为和西方传教士的接触，对李贽产生了很大的影响，这让我长了很多见识。”中国艺术研究院研究员梁治平更坦言，1987年夏天着手写《寻求自然秩序中的和谐》一书时，他有意把从《万历十五年》中感受到的那种史学精神贯彻到自己的历史叙述中去。
徐卫东接触到《万历十五年》是上世纪90年代末了，其时他在社科院研究生院读书，“当时的教材，不论是《中国古代史》还是《明代政治史》，都是一个标准的学术构架，读起来千篇一律，但《万历十五年》完全不一样，开篇就有一个故事化的场景，历史的展开很迷人。”徐卫东与《万历十五年》的缘分在续写，2001年他来到中华书局，2006年精心打磨、接续编辑新版《万历十五年》，实现了从读者到编辑的跨越。
