1986年，在北京房山琉璃河镇，靠近京广铁路东侧黄土坡村打谷场的一个西南角，考古人员发掘出了“1193号大墓”。

墓室是长方形，与一般墓葬形制不同的是，墓的四角还各有一个墓道，四个墓道都作斜坡状伸向墓室。按照墓葬习俗，椁室头向朝北，一些贵重的青铜礼器、容器会搁置在北端的二层台上。

“我们发掘后发现，墓主人头部的二层台上青铜器都被盗了，特别失望。”不过，让王巍略感欣慰的是，棺椁的两侧还留有丰富的青铜兵器和漆盾牌，棺内墓主人脚部方向，还出土了两件盛酒的铜器。

更大的惊喜来源于这两件青铜器上内容相同的长篇铭文。铜器上的铭文记载了周王册封召公为燕侯的内容，通过考古实物史料，首次印证了文献记载中西周初年的“封邦建国”。

此外，受气候影响，南方出土的漆器在饱水状态下，整体保存较好，北方天气干燥，漆皮易脱落。王巍等考古人员通过创造性的方法把漆器连同周围的土一起装箱，从底下插板，整体运到室内，用毛笔蘸水轻刷，再一层层清理，得到不少完整的漆器。

这些被发掘出来的部分贵重史料，如今被安置在北京首都博物馆，展现在公众面前。1996年夏，王巍被任命为中国社会科学院考古研究所夏商周考古研究室主任。

此时，国家“九五”重点科技攻关项目—夏商周断代工程正式启动，该项工程重点要解决中国历史上夏、商、周三个历史时期的年代问题。“虽然当时工程师拿出的年表，在学术界有争议，但这个工程还有个重大的意义，它创造了一个多学科交叉联合攻关的先例。因为在此之前，在国家层面上，没有对人文科学的重大问题给予这么大的支持。”王巍表示。

1996年到1998年，由他带队，集中研究所里的几位学者，到河南偃师商城发掘商代早期都城内的宫城遗址，为夏商王朝及其文化分界提供了界标。接着，从1999年开始，他又带队赴陕西周原西周都城，首次发现一组西周宗庙建筑，为研究西周时期的历史与文化提供了新资料。