朱元璋听闻以后也是雷霆大怒，下令彻查此事。追查小组的结论让朱元璋瞠目结舌，所录取51人皆是凭才学录取，无任何问题。案子到这里已经水落石出并没有徇私舞弊的问题，可北方学子们还是不服，有人向朱元璋告发说这是主考官刘三吾等人串通追查小组故意把北方考生中不好的卷子调了出来。
其实此时的朱元璋已经心中有数了，自从唐末以来北方战火连连，北方人口南迁，经济重心南移，南方教育水平优于北方的客观事实他这个开国皇帝不可能不清楚，春榜51名考试无一北方学子也属小概率事件。
不过朱元璋作为一个皇帝所要考虑的并不仅仅是科举考试的公平公正，更是大明王朝的江山永固。明朝刚刚建立，如果因为这51个南方学子得罪整个北方学子，甚至是搞的北方人心尽失无疑是划不来的。如果长期以往，以后朝堂之上的官员势必也都是南方人，南北矛盾更加难以调和，他这个皇帝也不利于去分权制衡。结果朱元璋采取了最为极端的办法。
首先朱元璋给主考官刘三吾和调查小组的官员几乎一一定罪，砍头的砍头发配的发配，只有在复查阶段中新增北方学子名单的个别考官没有定罪。从这也可以看出，这些考官和复查官员完全没有领会到朱元璋的意思，秉公办理反而招此大祸。
