尽管南下作战取得辉煌胜利，但违背了张国焘的东出方案。因此，张国焘4次致信曾中生、徐向前，严厉指责，要红4军“接信后火速回来，不能有丝毫的停留”。9月初，当被迫北返的红4军行至英山以南的鸡鸣河时，曾中生召开了支部书记、指导员以上干部和活动分子会议，讨论张国焘的来信。会上，大家群情激奋，通过了给鄂豫皖中央分局的申明书，极其诚恳地对张国焘的指责逐条进行了“申诉”。然而，鸡鸣河会议使张国焘十分恼火，他随即撤销了曾中生的军政委职务，调到后方进行斗争。
忍辱负重，心系红军
遭受打击的曾中生并没有灰心、颓丧，他始终坚信，真理是湮没不了的，是非总有一天要澄清。徐向前评价说，曾中生是一个能够经得起打击迫害和忍辱负重的人。
1932年10月，鄂豫皖苏区第四次反“围剿”失败，红四方面军被迫撤出苏区，向西转移。对于这样重大的战略行动，张国焘以保密为由，既不在领导干部中讨论，又不作任何解释工作，这引起广大指战员的强烈不满。1932年12月8日，在陕西城固县小河口召开的师以上干部会议上，曾中生等人开诚布公，以红军撤离鄂豫皖苏区以来活生生的事实，尖锐地批评了张国焘在退却转移中的错误和毫无民主的家长制领导作风。为了平息部队的不满情绪，张国焘表面上接受了批评。随后，曾中生被任命为西北革命军事委员会参谋长。小河口会议后，张国焘的家长制作风有所收敛，但他开始对曾中生等人产生怨恨心理。
此后，红四方面军进军川北，创建川陕苏区，粉碎了三路围攻，仅用半年时间就在川陕边界站稳了脚跟。1933年7月上旬红四方面军进行整编时，曾中生被任命为方面军参谋长。他及时总结入川以来的经验，针对川军这个新对手和四川的山地特点，写就《与川军作战要点》一文，供部队学习，字里行间充满红军必胜、川军必败的信心。
