在长江流域,也有一所著名的教会大学──金陵女子大学。1915年,金陵女子大学在南京开办,初期校址选在南京东南绣花巷李鸿章花园旧址,1923年7月移至随园(清代诗人袁枚曾是其主人)。金陵女子大学在随园开办时,聘请设计校园的也是美国建筑师墨菲,中国建筑师吕彦直(南京中山陵的设计师)参与设计。他们营造了一组7幢中国古典宫殿式建筑(会议楼、科学馆、文学馆、图书馆、大礼堂、学生宿舍),而且楼宇之间以中国古典式外廊相连,不仅美观,而且实用。南京雨水多,下雨天,师生在楼宇之间走动,因为有走廊连接,不需要带雨具,形成了独特的校园风景。
金陵女子大学的整座校园按东西向轴线对称布局,主体建筑物以大草坪为中心,林荫道座位入口增加纵深感,校园环境优雅,金陵女子大学因此获得了“东方最美丽校园”的赞誉。1930年,金陵女子大学更名为金陵女子文理学院,后与金陵大学合并为私立金陵大学。1952年金陵大学被取消,其主体并入南京大学,原金陵女子文理学院校址改为南京师范学院(现南京师范大学)校址。
此外,还有一些教会大学的校园建筑也很优美。坐落于杭州的之江大学靠近六和塔,校园里形成了之江八景:秦望书声、横山精舍、五云树色、六和铃语、徐岭茶声、越山烟霭、天台观象、涧桥听泉。浩瀚钱江水、青苍秦望山、赭色六和塔,组成了之江大学的美丽风景。上海沪江大学建造了50余幢风格多样的建筑,其中,1919年落成的具有晚期哥特式建筑风格的思伊堂最具代表性。它是砖木结构,屋顶陡峭,设计新颖。思伊堂临江而建,美景尽收眼底。如今,沪江大学原校址保存至今的尚有30幢建筑,被评为上海市优秀历史建筑。成都华西坝曾是当年华西协和大学(现华西医科大学)所在地,学校里的建筑中西合璧,雕梁画栋,巍峨壮观。如今,这些建筑是华西医科大学的独特一景。