专门供坐粮厅舍人乘坐的称为验粮小舟，平时停泊在石坝楼前，一望见南来的漕船，便飞快地划过去。舍人手捧着验粮托盘，坐在敞舱中，趾高气扬，因为查验漕粮是否合格的权柄掌握在他们手中。他们将取验的粮米盛在尾舱内，再飞速地返回送到验粮楼上，请厅丞、监察御史等官员查验。
还有一种比较特殊的官船，叫作“使节船”。明清政府与海外各国的联系比较密切，日本、朝鲜、南亚各国往往会派遣大量的人员或者商人到中国进贡、朝拜、经商，他们乘坐朝廷的使节船前往北京面见皇帝，如明代南亚苏禄国王与朝鲜人崔溥入京都是坐的此类船只。
由政府管理的船只还有一类是专门维系运河正常运转的功能船只。这类船只大多是民工役夫的工作用船，多的是辛苦劳作，少的是威风之气。常见的功能船有用于疏通沉沙壅塞、拓宽拓深河道的垡船，帮助迟来船只破冰返程的打凌船，用于堵住水流打桩筑坝的戗桩船，还有就是救援搁浅船只的捞浅船和救生所用的红船。
不计其数的民用船只
明清时期，运河上的民船、商船、货船等民用船只不可胜计。明代官员李东阳在《重修吕梁洪记》中写道：“东南漕运岁百余万艘，使船往来无虚日，民船贾舶多不可籍数。”
这些非官方船只一般由民间自行打造，运载量不如漕船，但装载的货物却纷繁复杂，既包括粮食、水果、棉花，也包括瓷器、丝绸、布匹、杂货等。南来北往的船只将汇集的南方货品、文化、人才转输到京师，又把都城发展起来的文化传播到东南各地，大大刺激了运河沿线城市的兴起与繁荣。
商船开拔后，必须在沿线各地设置的钞关交纳税收，并接受朝廷户部官员的监查，以防止食盐等违禁物品的走私。当时因商船与民船在运河上航行时常会遭受漕运军丁与钞关胥吏的勒索，所以很多船户在起航时会招揽赴任或旅行的官员坐船，以寻求庇护，官员不但不用付船费，而且还可以得到船主的银两。
每到船闸河段，民船与商船都要给朝廷的漕船、快马船等让路。到达通州后，船主可将所携带货物到岸发售，而随乘的官员则需要雇骡马或者轿子前去北京。货物卖完以后，船主再采购一批北方物品，照旧寻觅一位南下的官员庇护自己。
民用船只中还有数不清的客船、驿船、花船，还有船帮组织押运的明堂船，而大小木筏和渔船的数量更多，式样也更加繁杂，正是这些数不清的船只成就了通州古运河上广博而深邃的船文化。
