皇太极即位后，在八旗满洲之外又增设八旗汉军和八旗蒙古，从此八旗有满洲、蒙古和汉军之分。从此擅长突骑野战的八旗蒙古成为满洲人的左膀右臂，而擅长操作火炮等重兵器的汉军八旗的加入，对于原来只轻骑兵、轻火器的满洲人来说，亦有莫大助益。但八旗仍是八旗，权力始终集中在满洲贝勒手中，是绝不可旁落的。
1644年入关时的八旗劲旅，在对农民军与明朝残存势力的战争中以一当十，摧枯拉朽，那是八旗武力最精锐、最强盛的时期。
入关后的“巩固根本”
当清王朝定都北京后，面对着一个崭新而又极其复杂、极其险峻的局面。在民族矛盾如此尖锐的情况下，他们所能依靠的，除了自己从关外带来的八旗劲旅之外，还能有谁？由明军的降兵降将编成的绿营，人数虽然数倍于八旗，他们又岂敢依恃？他们殚精竭虑，考虑的就是如何才能使为数如此之少的精兵最大限度地发挥作用，如何依靠它来维持清朝在这样一个如此辽阔、如此复杂的国土上的统治。并因此而对八旗制度进行了重大的变革，其宗旨，当然是要加强八旗的军事职能。
变革的第一步，是制定旗饷政策，使八旗官兵向职业军人的方向转变。这是入关后八旗制度最深刻的一项变革。
入关后的八旗官兵倾其全力投入战争，清廷虽然也沿袭入关前旧制为他们分配了“份地”，但他们却不可能仍然沿袭入关前“兵农不分”的传统，利用土地来进行生产。随着八旗“份地”大量丧失与转手，越来越多的八旗兵丁丧失了从土地获取收入的经济来源。为解决这一问题，使八旗兵丁得以全力以赴投入征服战争，清廷甫一入关，即制定旗饷政策。八旗兵丁的收入，以月饷和岁米为主，又视兵种之别而有等级之分，此外还有岁米，为每名每年24斛。这便是清代所称“铁杆庄稼老米树”的由来，所谓“铁杆庄稼”，说的就是这种收入的稳定性。清廷对八旗兵丁的一切采取“包下来”的办法，用官费为他们建造房屋，凡遇红白喜事均由官给赏银，迁徙时由官给一切用度。重大变革的另一项，是建立驻防八旗制度。
清朝建都北京，本着“居重驭轻”的用兵原则，将八旗精锐半数驻于京城，是为禁旅。同时亦不忽视对广大地方的控制，做法是在全国各大省会、水陆要冲、边疆海防，派遣八旗长期驻守，以控扼京师以外所有最重要的军事据点，是为驻防。这样一支不仅常驻于边疆，而且常驻于腹里内地的制度化的武装力量为历朝所未有，是满洲统治者维护统治的主要工具。而它所监视、控制的主要对象，则是绿营。
清代绿营额兵60万-80万，以标、协、营、汛的组织系统分散驻扎于全国大大小小的城镇、关隘、水陆交通要冲，形成严密的控制网络，而对这支人数远较八旗多出数倍，又是由汉人、特别是受过专门军事训练的明军降兵降将组成的军队加以监视和控制，并对地方起着巨大威慑作用的，则是10万八旗驻防。以10万八旗兵控制数十万绿营，再以人数比八旗驻防多出数倍的绿营兵控制全国百姓，恰好像是以臂使手、以手使指，作为用兵措施，十分高明。
“隐然有虎豹在山之势”
驻防八旗有两个特点，历来未被史家关注，却是理解八旗制度入关后对清朝统治所起作用的最重要因素。
其一，清朝统治者虽然在实质上，对强化八旗驻防的镇压作用始终未曾放松，但做法上却竭力让八旗退居幕后。无论驻防何处，八旗官兵都集中居住，自建“满城”或“满营”，从不与民人混居，亦从不轻易出动，地方上若有治安问题和骚动，都由绿营出面处理，令他们充当恶人角色。但一旦出现重大事件，则可就近出兵。雍正帝形容驻防八旗在地方为“隐然有虎豹在山之势”虎视眈眈，磨刀霍霍，却让人不知不觉，这是满族统治者处理政治问题和民族关系的手段日趋成熟的表现。至于如今人们多认为八旗入关后作用越来越微弱，其实正是清廷制造的假象，是他们刻意要达到的效果。
