在论证中最大的难题是该选什么，报什么。考虑到世界记忆工程项目关注的是世界文献遗产，主要考察的是所提项目的真实性、世界意义或者是否是独一无二和不可替代的。“南京三馆”馆藏量都极其丰富，中国第二历史档案馆藏有南京审判日本战犯军事法庭所有的卷宗和档案资料；南京市档案馆保存着1945至1946年南京市调查南京大屠杀受害者市民呈文等历史档案；侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆作为南京大屠杀专史陈列馆，建馆近30年来在海内外广为征集大量有关史料，馆藏品达16万多件。
在如此海量的史料中，经过反复琢磨，仔细挑选，最后认识趋向统一，即严格按照世界记忆工程项目关注的要求来选择，经得起世界级专家眼光的考量。
2014年3月5日，我们接到国家档案局的通知，按照双年报、单年批准的惯例，联合国教科文组织又开始了两年一度的世界记忆遗产工程的申报工作，负责牵头申报工作的有关部门，决定将《南京大屠杀档案》和《慰安妇档案》列入此次中国申报的两个项目，并且提出在中国所有涉及南京大屠杀史料的档案馆，都参与申报。
此次，除了“南京三馆”外，还新增加了中央档案馆、辽宁省档案馆、吉林省档案馆、上海市档案馆等四家档案馆，申报的队伍扩大为七馆，申报的内容也由原先的五组档案，扩大至十一组，即（1）《程瑞芳日记》，记载了她与美国人魏特琳和中国人陈斐然三人，在南京大屠杀期间组成了金陵女子文理学院难民收容所的工作过程及其日军在此的犯罪记录；（2）南京国际安全区委员会委员、国际红十字会南京委员会主席、美国牧师约翰·马吉拍摄南京大屠杀实景的16毫米电影胶片母片、胶片盒、摄影机及相关影像，包括1938年5月，美国《生活》杂志刊登了10幅由约翰·马吉胶片翻拍的南京大屠杀照片；（3）1938年南京华东照相馆学徒工罗瑾冲洗并保留，后被吴璇保存并在战后送交南京市临时参议会，转交给南京审判战犯军事法庭，被列入京字第一号罪证的16幅砍杀中国军民和奸侮中国妇女的照片及其照片册；（4）1946年10月18日，吴璇呈送上述16幅血证照片册给南京市临时参议会时记录的手印具证，以及南京临时参议会转交给南京审判战犯军事法庭文书；（5）1947年3月10日形成的南京审判战犯军事法庭日本战犯谷寿夫判决书正本原件11件档案；（6）南京国际安全区委员会委员、金陵大学历史系美籍教授贝德士，提供给南京审判战犯军事法庭的证词，其中历数日军所犯各种屠杀、奸淫及抢劫的暴行；（7）1946年10月19日，南京大屠杀幸存者陆李秀英的证词，包括南京审判战犯军事法庭的传票、法庭询问笔录、证人具结书及1937年12月19日，身中37刀的陆李秀英在鼓楼医院（时称美国教会医院）接受美国医生威尔逊救治时的现场照片；（8）南京市临时参议会南京大屠杀案敌人罪行调查委员会调查表，如1946年7月27日调查表中列举的受害者已近六旬，被日军在城南防空洞射杀；（9）1947年1月，南京审判战犯军事法庭会同世界红卍字会南京分会负责人，前往中华门外普德寺调查验证，发掘死难者坟墓，检验遗骸现场照片；（10）1945年抗战胜利后，南京市临时参议会、南京市抗战损失调查委员会、南京市赔偿调查委员会、首都警察厅、首都地方法院、国防部审判战犯军事法庭等，接受的大量南京市民呈文，内容可分为人口伤亡、查找失踪人员、工商业损失、房产财务损失、宗教公益慈善团体财产损失等；（11）外国人日记：占领南京-目击人记述。上述除（1）（2）（3）（8）（10）五组档案外，其余均为新增加的项目。
