此时的南京，城内外到处都是骚动的士兵，他们成群结队，嚷着要发放欠饷，几有哗变之势。私下里，孙中山曾无奈地承认：倘若数日之内无足够的资金以解燃眉之急，则军队恐将解散，而革命政府也将面临瓦解之命运。胡汉民也说，当时的革命政府，“军队不堪战斗，乏饷又虑哗溃”，随时有兵变的可能。身为陆军总长的黄兴甚至自称：和议若不成，自度不能下动员令，唯有割腹以谢天下！
南北和议进行之时，黄兴曾对率桂军来援的革命党人耿毅说：“我何尝不想北伐扫荡虏廷，直捣黄龙。但附和革命者，不是盘踞地方，就是拥兵自卫，只求目前名利，不计将来祸患，有的甚至还与袁世凯暗通声气。黎元洪本非革命者，我若过于强制，他即与袁世凯单独媾和。大势如此，我何能独持异议。孙大总统初回国，尚不知其中内容，责我过于软弱，我只好忍受。”时为黄兴参谋长的李书城对此也颇有同感，他列举了七八个都督和民军将领，认为革命军一旦与袁开战，“他们很可能反戈相向”。
留守难守：
裁军最大难题是没钱
1912年3月，南京临时政府解散，临时参议院北迁。参议院众人北上之后，南京的问题依然没有解决，因为各路革命军并不能随同北上。而和议告成后，南方军队在军事上已无用武之处，他们的数量是如此庞大，已大大超过各省财政所能承受的范围。
对此，革命党人自办的报纸《民立报》也痛加批评说：“江南各地到处都是兵！军官的数量多如牛毛！陆军部不但不知道这些兵够不够用，就连有多少兵也不清楚！调查也没有办法，遣散也没有办法，要编制这些军队，又不好编这个不编那个。”军队要求发饷，陆军部又不敢不答应。
革命军一日不去，南方局势即一日不宁，其遗留问题让袁世凯很是头疼。袁世凯考虑再三后，认为解铃还须系铃人，把这个重担留给了黄兴。于是，在唐绍仪内阁成立后，袁世凯同时发布命令，委任黄兴为“南京留守”，其目的就是要借黄兴之手来处理南方革命军的裁撤问题。毫无疑问，这职位是个烫手的山芋。
黄兴是个忠厚人，他很爽快地接受了任命并通电称：“两江一带军队，维持整理刻不容缓。兴纵怀归隐之志，也断不敢置经手未完事宜于不顾，以负我军界同胞。”4月6日，黄兴正式就任，留在南京处理各省革命军的裁撤与遣散事宜。
很不地道的是，袁世凯给了黄兴维持与整理革命军的权力，但没有给予相应的财政支持。无奈之下，黄兴也只能以“爱国”为号召，鼓励军人们自动离职，共济时艰。这样说固然很容易，真做起来却是非常困难——在没有得到合理的补偿前，谁会轻易放下手中的武装呢？
想当年，李自成农民军推翻明廷，集结在京的大顺义军有40万人。胜利之后，这些人很快变质，“贼将各踞巨室，藉没子女为乐”。当时有人提醒主将刘宗敏，说这样下去会激起民变，刘宗敏却直截了当的答道：此时只忧兵变，民何足言！军兴日费万金，安所取给？
鼎革之际，军饷的匮乏令北洋军兵变频发，革命军也同样因为欠饷而发生了多起兵变。黄兴的主要任务是裁军，最大的难题是没钱，没钱不能维持军队而且还要将之廉价遣散，这引起了部分革命军将士的强烈不满。
突发事件：
叛军深夜兵变
据与黄兴并肩战斗的革命党人李书城回忆：南京留守府最困难时，不得已将军队伙食从干饭改为稀粥，以后连稀粥也不能维持，乃将南京城的小火车向上海日商抵借二十万，暂维现状。某夜，江西军俞应麓所部突然哗变，在南京城内肆行抢劫，经请广西军王芝祥军长派队弹压，到天晓才平定。除由军法处将证据确凿的犯兵予以惩处外，其余均遣送回籍。
