梵蒂冈秘密档案馆中包括教皇利奥十世（Leo X）签署的1521法令，内容为开除马丁·路德（图源：罗马卡皮托利尼博物馆）
另外一处宗教文献的秘密藏所自1612年成立以来便广为人知——然而这并没有让人们停止从阴谋论的角度来探讨该藏所。梵蒂冈秘密档案馆中的藏品主要有教皇的信件，可追溯到1000多年前。在丹·布朗（Dan Brown）的《魔鬼与天使》（Angels and Demons）一书中，这些信件是哈佛大学的一位“符号学家”在与光照派战斗时发现的。传闻中，档案馆藏品还包括外星人头骨、耶稣的世系文件，以及一台名叫Chronovisor的时光机（由一位本笃会的僧人建造，方便他回到过去，记录耶稣受难的画面）。
为消除这些传闻，近年来该馆对外开放供人参观，还在罗马卡皮托利尼博物馆举办了展览，展出藏所中的文件。1881年，教皇利奥十三世首次允许经过严密审查的学者参观该藏所。目前，研究人员可以在那里看到很多文件——虽然禁止翻阅。藏所名称中的“secret”一词源自拉丁语中的“secretum”，更接近“私人”的意思；不过，档案馆中的一些区域如今依然是禁区。1922年之后，学者被禁止接触任何与红衣主教个人事务相关的档案；在备受争议的战争期间，皮乌斯十二世（Pontiff Pius XII）于1939年成为教皇，此后他禁止学者查看任何与教皇相关的文件。
藏所坐落在一处混凝土地堡中，圣彼得教堂身后一翼，所藏档案由瑞士护卫以及梵蒂冈本城警力守卫，他们还加强了内部消息封锁。藏所中除了教皇与莫扎特、伊拉斯谟（Erasmus）、查理曼大帝（Charlemagne）、伏尔泰、阿道夫·希特勒（Adolf Hitler）等人的通信，还有亨利八世与阿拉贡凯瑟琳离婚的请求：虽然教皇克莱门特七世拒绝了这一请求，但亨利还是离了婚，成为罗马与英国教会决裂的导火索。档案馆还包括教皇利奥十世开除马丁·路德的1521法令，审判伽利略异端邪说的手写记录，还有一封米开朗基罗的信件，抱怨自己在西廷斯教堂工作没有报酬。
墙上的另一块砖
所罗门·谢克特肯定了开罗贮藏室中这些手稿的重要性（图源：维基百科）
没有武装力量守卫，埃及老开罗（福斯塔特）有一处藏所被遗忘了几个世纪之久，直到一位罗马尼亚裔犹太人意识到其重要性。1874年，雅各布·沙菲亚（Jacob Saphir）在书中描述了这一藏所，但直到1896年，继剑桥大学学者所罗门·谢克特（Solomon Schechter）之后，苏格兰双胞胎姐妹艾格尼丝·刘易斯（Agnes Lewis）和玛格丽特·吉布森（Margaret Gibson）也展示出一些手稿，该宝库才广为人知。
大约28万名犹太人的手稿片段收藏在埃兹拉犹太教堂的一面墙中——人们称之为开罗贮藏室。根据犹太法律，任何包含上帝名字的文章均不能丢弃：那些不再需要的作品在获准焚烧之前，都会收藏在犹太教堂或墓地。该储藏室称为“genizah”，源自希伯来语，原义为“藏起来”，后来称为“档案”。1000年多来，福斯塔特的犹太人都将文章存储在这一神圣场所，并且开罗贮藏室从未受到破坏。“无论是个人信件或是购物清单，中世纪的犹太人书写的一切几乎都会提到上帝。”《纽约客》说道。因此，“我们有二十五万份保存完好的档案，内容包括9世纪到19世纪的埃及生活……这是跨时最长、最为完善的记录”。
