这一时期，黑田清辉除了画类似的作品如《编织的少女》《红头发姑娘》之外，还画了不少风景画，代表作如《凋零的原野》等。他笔下的风景，其色彩的跳跃、气氛的朦胧、笔触的颤抖，与印象派更加接近。
1893年，黑田清辉经由美国回国，翌年与久米桂一郎创立天真道场，向青年灌输法国系统的美术教育，还参加明治美术会，展出色调明快的外光派作品，引起画坛注目。1895年4月，黑田清辉在京都举行的第4届内国劝业博览会上公开展出了创作于巴黎的裸体画《朝妆》（又译《晨妆》，原作已在战争中被毁），引发“裸体画是否有害本邦风俗”的论争。李长声在《哈！日本》一书中写道：“到了1895年，油画家黑田清辉出展女人裸体画《晨妆》，观看者浪笑秽语，女人一瞥羞赧，逃之夭夭，天皇临幸展览会，用布把它盖起来，媒体群起而攻之伤风败俗……”当时旅居日本的法国漫画家比高尔还为此画了一幅漫画，描绘了《朝妆》观赏者们的种种表情。
1896年6月，黑田清辉与久米桂一郎等同道创立白马会并成为其首领，被视为日本油画界新派（又称紫派、正则派）的旗帜。同年，日本最重要的美术教学机构东京美术学校新开设了西洋绘画科，聘请黑田清辉为首席主讲教授，从此，他的印象主义画法便成为日本西洋画的主导方法。
1897年至1899年，黑田清辉创作了女裸体三联画《智·感·情》，都是以写生为据的没有背景环境的作品，试图用女性的形象和姿态，来表现抽象的寓意，从中可以看出黑田清辉也受到了19世纪末象征主义绘画的影响。此画在东京展出时，被指责为有伤风化，不得不从展厅撤走。该作品被日本政府指定为重要文化遗产，现存于东京国立博物馆黑田纪念馆。
1907年，黑田清辉推动日本文部省开设了第1届美术展览会，成为其审查员，从各美术团体的大量应征作品中选出佳作，予以展示和奖励。1910年10月，黑田在油画家中第一个被任命为帝室技艺员，此后历任国民美术协会会长、帝国美术院院长。1917年，其继父去世，黑田承袭子爵爵位，1920年还当选为贵族院议员。他晚年主要从事政治及对外文化交流工作，1924年7月15日因尿毒症卒于东京。
值得一提的是，黑田清辉开创的日本西洋画对中国早期的现代艺术运动有着深远的影响。当时，除留学欧美外，中国画家学习西洋画的另一途径就是留学东洋。弘一法师李叔同1906年东渡日本，在黑田清辉主持的东京美术学校西洋绘画科学画，可说是他的入室弟子，其用笔用色深得印象派真传。1910年，在该校的西洋绘画科中，只有四名学生获得“精勤证书”奖，李叔同是其中唯一的外国留学生。由此可见，中国画家当时在黑田清辉的学校是何等用功，而受其画风影响更自不待说。
东京文化遗产研究所企画情报部长山梨絵美子表示，被称为日本近代西洋画巨匠的黑田清辉，为日本美术界留下了伟大的功绩。然而他的人生充满意外的纠葛，在明治时代封建的日本社会，要创作出为世界所认可的西洋画实非易事。
作为本次特展客座策展人的东京大学教授三浦笃专门研究法国近代美术史，曾著有《黑田清辉与西洋美术教育》。他说，就日本美术的现代化而言，黑田清辉是不可或缺的人物，其在法国留学时受到的西洋绘画思想与技法的冲击，恐怕是我们这些生活在现代社会的人所无法想象的。在全球化急速发展、东京奥运会日益临近的今天，黑田清辉以其自身在日本与西洋之间反复纠葛的体验，给当今的日本人提供了思考究竟应该如何与世界对峙的机会。
