随着考古的推进，几个问题在专家们的心中浮现：临安本地并无出产朱砂石、白石，现场的这些石头来自哪里？这个五代时期的建筑到底有多大，它的大门在哪里？发现的古建遗存是不是古代衙门，和钱镠有关吗？多位考古专家建议增加发掘面积。
但是，因为这个遗址在政府大院内，几乎没有四向延伸发掘的条件，怎么办？几个月后，相关部门多次商讨论证，“暂时性回填”方案被提出。
10月21日，在临安区文物馆工作人员倪亚清的带领下开始对古建遗存进行回填。
“就是用编织袋装泥土，装了近1000袋”，它们像一个个沙包一样紧贴遗址地砖。“这是最里面的保护层，然后才是细质泥土。”倪亚清说，政府大院地下遗址的保护利用将和钱王陵附近的改造工程结合起来规划。
“从长远来看，增加发掘面积是最佳方案，但可能会涉及到办公室动迁，非一朝一夕可以达成；但目前已经发掘出来的古建遗存如果长期裸露在外必然会受到损坏。回填是最常用的保护方式之一。”临安区文广新局副局长章晓静说。
“这是一种暂时性的回填，以后如果需要，随时可以再发掘。” 临安区文物馆馆长张惠敏介绍，在发掘条件限制、下一步方案未确定、遗址开放风化等综合因素影响下，只能先进行回填。“前期的发掘报告正在整理，相关资料入档，并为下一步发掘做好准备。”
