迄今为止，蔷薇十字会的公开出版物只有一本名为《法玛》（1614）的小册子和一本传达其基本教义的《兄弟会训谕》。书中建议，全世界的学者应该联合起来，为建立一门综合科学而努力，将天启“兄弟会”发扬光大。历史学家深信此一主张明显受到赫尔墨斯主义和新柏拉图主义思想的启发。如新柏拉图主义者、英国诗人埃德蒙·斯宾塞在1590年出版的长诗《仙后》中，便曾提及一位受到天启的英国骑士，名为“红十字”；莎士比亚在他晚期戏剧的代表作《暴风雨》中对魔法、占星以及蔷薇等十字会“征信之物”亦有巧妙暗示与刻画。总而言之，蔷薇十字会的成员多为当时社会精英，其信奉神秘力量的异端思想及其诚信无私的行事方式（他们对穷人实施免费医疗），皆有意无意碰触到天主教会敏感的神经。在天主教长期占据统治地位的法国，一向以反宗教改革为己任的耶稣会更将其视为不共戴天的仇雠，必欲除之而后快。在这样的情势下，生性怯懦如笛卡尔，闻之焉能不跑？
避地荷兰的哲学家将科学研究的对象从外部转向自身，但研究的结果却令他大感震惊。有人形容他的后半生是“戴面具的哲学家”——他不得不将他的思想隐藏在奇怪而模糊的词义之中。他大胆地为哲学找到一种极端的新证据，却又被它的极端性吓倒，被迫转回到旧思想和旧信仰的轨道——可能处于历史转折期的哲学家大多如此，尤其是对瞻前顾后、难以决断的笛卡尔而言。毋庸置疑，笛卡尔在数学和哲学这两个领域都做出了卓越贡献：他尝试将数学的精确方法运用到哲学中，使哲学像几何学一样确定和明晰，改变了因不确定性而造成的意见纷争。正如他本人所说，他在这方面的努力，就是为了给整个哲学体系寻找一个坚实的基础。他一直坚信：人们只有通过进入自己的心灵，用一种神秘的直觉，进行自我反思，才能真正体验到上帝的存在。在这里，笛卡尔明显借鉴了新柏拉图主义和奥古斯丁的心灵直觉。但诚如罗素所言，笛卡尔小心翼翼地躲避着神学上的谴责，发展起一个宇宙演化论，看似与柏拉图时代的观念并无不同，其实大相径庭：前者强调宇宙秩序和谐与定命，而后者的混沌宇宙则既无中心亦无边界，再也不是上帝为人类创造的宜居家园。由此不难看出，笛卡尔的物理学一旦公之于世，必定会在相当范围内引发人生观与价值观的革命。这样人们也许就能够理解，为什么笛卡尔至死也不敢让经院哲学派的神学家知晓《第一哲学沉思集》与他的物理学有关；为什么罗马教廷让伽利略宣布放弃他的学说时，笛卡尔吓得几乎要烧掉压在箱底的《论世界》手稿；为什么他一辈子都在逃离天主教占绝对统治地位的祖国，并最终客死他乡。
1650年，为躲避反对派的攻讦，他接受瑞典女王克里斯蒂娜的邀请寄居她的王宫——代价是他必须改变自己的生活习惯。此前，他一般从中午才开始工作（罗素说他白天以闲暇示人，一定是半夜里用功，否则不可能作出如此巨大的成就），而精力旺盛、日理万机的女王只能在凌晨五点抽空与他探讨哲学问题。笛卡尔感慨地说，瑞典是个“熊的国家，处于岩石和冰块之间”，他打算离开，又顾虑重重。他很快染上风寒，并转成肺炎。他既不肯服药（担心宫廷的政治对手毒杀），又不肯接受当时流行的放血疗法，而是服用他自行调配的烈酒（他无端地相信烈酒可以逼出他体内的毒素），终于不治而亡。更为可怕的是，1663年，他的著作在罗马和巴黎被列入梵蒂冈教皇颁布的禁书目录。直到1740年，教廷才宣布解除禁令。而他也如愿以偿获得教廷追封的“礼遇”。
毫无疑问，笛卡尔身上一直存在某种动摇不决的两面性：一面是他从同时代的科学中学来的东西，另一面是耶稣会学校传授给他的经院哲学。这种两面性让他时常陷入畏首畏尾的两难境地，此即为罗素所言之“懦弱”——凡人谁也无法逃脱自己的环境与时代。然而，这一种矛盾或懦弱反过来也恰恰成为他丰硕思想的来源，成为古今任何一位其他哲学家难以企及的一种优势。用罗素的结语：“自圆其说也许会让他仅仅成为一派新经院哲学的创始者，然而自相矛盾，倒把他造就成两个重要而背驰的哲学流派的源泉。”——历史的吊诡之处，大抵如此。
