詹姆斯·莫罗在“自问自答”中还表示，“《数学原理》作为故事的叙述者，邀请我们将迫害女巫的时代作为我们当代的一面镜子。”（第542-543页）那么，在这面镜子所折射的法庭审判也是人类在当代所面对的重大问题。猎巫运动的最大特征之一是它的“依法判决”，与中世纪的宗教裁判所一脉相承。当詹妮特听到伊泽贝尔姨妈说她将被处以火刑之后说，“这不违法吗？”姨妈回答：“只是野蛮，但并不违法。”（第114页）可见在所谓的“依法”之上，还有文明与野蛮的分界。
在“依法审判”的法庭之外，小说还揭示了各种力量的动机和心态。对坚信科学理性的詹妮特来说，她还必须为她的论文披上英国国教释经学和三位一体教理的厚厚外衣，以避免她的观点受到阿里乌斯主义、无神论和亵渎神灵指责。而对皇家学会的科学家来说，他们所掌握的科学知识并非不能做出推翻鬼神论的重大论证，只是他们缺乏动机。在法庭方面，控方则可以通过更换主审法官等阴谋操纵审判。而本杰明则通过在《宾夕法尼亚新闻报》即时报道庭审而让公众了解真相，最后还发动市民签名情愿呼吁政府赦免詹妮特。
小说中最后的庭审非常激动人心，几个世纪前的场面、气氛历历如在目前：“本法庭指控你犯有亵渎天主信仰之异教罪行。你认罪吗？”“根本没有巫术这种罪行，我一定要证明自己的清白。”“陪审团应不理会被告人的一切恶劣的观点。”霍桑说。“如果你立刻签署一份认罪书，承认与魔鬼勾结，本庭将考虑对你宽大处理，”执达吏告诉克朗普顿太太，“你认罪吗？”“就算你们给我戴上拇指夹，”她说，“我也不会签署什么认罪书。”（第429页）在这段开场白之后的几天，庭审中的交锋高潮迭起，即便法官不断干扰和限制辩护人的发言，孟德斯鸠仍然可以在法庭上通过当场的实验宣示科学真理。激动人心的场面是整个旁听席上回应孟德斯鸠的呼喊：“排出空气，她沉下去！”“充满空气，她就浮上来！”“闪电和魔鬼没关系！”允许这样的庭上宣讲和允许存在这样的旁听席，可见它还不是最糟糕的庭审。当孟德斯鸠被控方主动放弃结案陈词的权利而同样被取消结案陈词的时候，他绝望地试图用几句话概括他那长达九页的辩词：“先生们，今天，你们可以推翻詹姆斯一世国王那可憎的巫术法案！在做出你们的判决前，你们必须牢记，上帝不允许恶魔的存在——这种迷信，只会让上帝创造的世界趋于混乱！”（第472页）最后的判决依然按照控方的意愿进行，詹妮特安慰孟德斯鸠说，“你做出了非常高尚的努力”，后者回答说，“却碰上了一个卑鄙的法官。”最终是本杰明策动村民劫法场救出詹妮特，而她的著作终于说服了英国国会而推翻了反巫法案。这样的结局也是意味深长的。
