等到费正清在抗战胜利后第三次来华，经过一段时间的了解和观察，他对共产党有了更新的认识。1946年9月，费正清在美国著名的《大西洋月刊》杂志发表了一篇题为《我们在中国的机会》的文章。他指出，中共的立党之基是“着眼于农民渴望改善经济状况的基本要求，着眼于千百万人处于苦难之中的紧急状况”，而且，每名党员都把“为群众服务和忠于党”作为自己的信条，没有自己的私心杂念，这种“大公无私的美德使中共领导人具有指导政府的信心，而共产党政权得到民众的默认。”因此，他认为不管美国“给蒋介石多少飞机和坦克，都无法把共产主义从中国政治舞台上抹掉”，并建议美国放弃对蒋介石的支持，与共产党达成谅解，否则美国“会被一场群众运动逐出亚洲”。
但在内心深处，费正清和绝大多数美国人一样，并不支持中共，而只是希望中共作为反对党，对国民党进行制衡。但他依然得出结论：“（国民党）必将失去政权。”费正清在《纽约时报》发表了一篇题为《来自中国心脏的挑战》的文章。文章写道：“共产党人以史为鉴，与农民保持了紧密的联系。这个党深入乡村，发动群众。这是国民党和日军难以想象的。”因此，他认为：“在蒋介石和毛泽东之间，中国最终可能选择后者，尽管我们支持的是前者。”
台湾学者余英时与费正清在哈佛大学共事20多年，对费正清非常了解，他指出：“费正清自1943年以后便深信中共体现了多数中国人的集体意志。”美国与中国的国情和政体不同，但有一点是相同的：一个政党要干下去，必须得到老百姓支持。在美国，民众用“手”投票；然而在中国，老百姓用“脚”投票，他们选择跟共产党走。
费正清站在旁观者的立场作出上述预测，不料却为自己带来一堆麻烦。国民党政权自己不争气败退台湾，居然把气撒到费正清头上。台湾当局竟向美国情报口谎称，说有人在共产党的花名册上看到过费正清的名字。美国采取了“宁可信其有”的态度，限制费正清出境，并指责他出卖盟友，同情共产党，帮助散播共产主义和苏联的影响。
其实，美国误解费正清了。他们似乎忘记了，费正清是美国人，他所有的建议都站在一个始终不变的立场上——维护美国利益。
从1966年起，费正清就在探讨美中关系的前景，寻找改善两国关系的突破口。一次偶然的机会，费正清跟后来成为国务卿的基辛格博士在飞机上邂逅。费正清向基辛格介绍中国传统的“朝贡”制度，并很艺术地向基辛格暗示，美国总统应主动向毛泽东示好。费正清在回忆录中写道：“我绕着弯说，毛泽东是能够接见任何外国元首访华的，尽管他自己几乎不出国访问，但美国总统却能轻而易举地出访世界各地。”尼克松访华后，基辛格与费正清再聚，特别谈到两人过去的那次谈话。基辛格表示：“那次谈话改变了历史。”
回望中国历史，费正清曾这样赞叹：“历史上没有其他集团能够将亿万中国人民团结成一个政治单位；世界人口五分之一的团结，是现代人类最伟大的成就之一”，而能够做到这一点的，唯有中国共产党！(许 述)
