另有光绪十四年日记藏于上海图书馆，同属一套，为潘景郑题签、装池，题名《潘文勤公日记》。或是原书于宅中散乱摆放，潘景郑所见仅此一册，将它与其他部分潘氏旧藏文献带到上海。
潘祖荫记录日记比较简略，一条完整的日记主要内容大致上包括：上朝议政、职务变迁、政务工作、交游书信、金石图书、花销账目以及身体状况等。从内容来看，潘祖荫写日记只是留给自己核对和备忘之用，与他的好友翁同龢、友生叶昌炽、李慈铭的日记大不相同。
尤为触目的是，日记止于十月二十九日的绝笔：“乙丑，凤石来诊，周姓诊。”根据日记可知，潘祖荫因救灾过劳受寒发病至逝世仅仅七天，令人浩叹。潘祖荫的病因，据姜鸣研究推断（《一时耆旧凋零尽——光绪十六年冬季的传染病》），可能也是染上了那年的瘟疫。
日记虽然简略，仍包含了从宫廷礼仪、典章制度到生活起居，丰富的历史信息，值得我们结合更多史料深入研究。关于日记的具体情况，详参拙作《苏州博物馆藏稿本〈潘祖荫日记〉述要》（《苏州文博》2009年第1期）。
潘祖荫奖掖后进
潘祖荫以其特殊的身份和独到的学识，奖掖后进，始终不遗余力。身历四朝，几十年间，聚集了一大批文人学者，影响了晚清学风。不少近代著名的政治家、文人学者在早期的生涯中都与潘祖荫有交游，结合日记和有关文献兹举两例。
潘祖荫与吴昌硕的交游始于光绪九年（1883年）。大致在春夏之际，潘祖荫因族兄潘钟瑞看到吴所刻印章，十分欣赏，于是请吴治印。七月间，吴昌硕登门拜访了潘祖荫，其诗文、书法和篆刻颇受潘的赏识，潘称赞他的篆书有古意，并勉励他研习经典，吴昌硕大受鼓舞。此后，二人金石往来渐多，吴前后为其治印数十方。《日记》：“七月初二日，吴苍石复刻‘井西书屋’印好。”“初五日，仓石来赠拓本廿五纸。”“初六日，仓石名俊卿，从九，刻印、行草、诗文俱好，湖州人。”光绪十年正月、二月、九月、十二月，吴昌硕多次造访，十二月二十七日吴执彭姑钟拓本出示，潘祖荫判为伪器。光绪十一年正月至三月吴四次造访，二月二十八日潘应前次所求，送他对联两幅。三月十七日，是日记中最后一次记录吴来造访。潘祖荫服除回京之后，两人就“分隔云泥”，无缘见面了。
吴昌硕是这样回顾这段交谊的：“潘郑庵宫保，硕德清望，为世名臣。顾好奖借寒畯，有一善，称道如不及。癸未春，读礼家居。偶见余篆刻，有过誉，遂以印托其族瘦羊先生命刻，先后凡数十方，皆称善。以分隔云泥，久未晋谒。宫保先使人致意，并贻古铜器拓本多种，始一往见。宫保以通经学古为勖。又谓余篆书入古。余谢不敏。盖余学刻印有年，未能自信，即篆书亦人罕许可，闻宫保言，不觉有感。非敢引公自重，然不可谓非受知。故记之如此。”（见沙匡世《吴昌硕石交集校补》吴昌硕撰“潘祖荫”条）
苏州博物馆展出的一卷信札，是这段交谊的最好实证。信共八封十页，前三封五页字很大，潘祖荫此时患眼疾。潘祖荫在这八封信末都自称“制荫”，即守制也。潘祖荫写信一般不具年月，二、三两封所用信笺左下角钤有“甲申”朱印，第四封落款“五月三日”。信文主要是潘祖荫请吴昌硕治印的来回“短信”，兹录于下：
（一）病目久不愈，不能视，肿赤未消。谢客已月余矣。外三石祈赐篆。屡渎不安，当图报。来札字须大如此，小则不见也。敬上仓石仁兄。制荫顿首。
