自李远哲以来，三位“中研院”院长全是化学出身；自钱思亮以来，五位院长全是科学出身，而此前的四位院长，只有朱家骅是地质出身，但还是官僚政客。
6月21日，加州大学洛杉矶校区化学与生物分子工程系、生物工程系主任廖俊智教授就任台湾“中研院”院长，因前任院长翁启惠涉嫌“浩鼎案”而起的新任院长选举的纷纷扰扰似乎终可告一段落，不想7月4日召开的院士会议上，项武忠院士仍不认可廖俊智，表示已连署五十多位院士，要求修改“组织法”。2014年当选“中研院”院士的廖俊智，大多数院士此前并不认识他，人望似乎不够。虽然他就任院长时曾表示不参与政治，只专注于学术，但他多被认为属于蔡英文一系。作为最高专门学术机构，“中研院”一直寻求学术独立于政治，但在过往近九十年的历程中，政治无时不侵扰着学术。2008年，“中研院”成立八十周年之际，为表庆贺，曾出版《追求卓越：中央研究院八十年》，第一卷为陈永发院士主稿的《任重道远》，“以历任院长为经，任内重要事迹为纬，交织成篇”，其间就披露了不少政治干涉“中研院”院长选举、任命及其学术发展的事例。
“中研院”的成立被认为是国民党新贵与以蔡元培、李石曾、张静江、吴稚晖为代表的国民党元老为了共同对付国民党左派而达成的一种政治妥协，是政治斗争的产物。蔡元培担任首任院长自然众望所归，但“中研院”在其治理下却是步履维艰。从1927年5月9日成立筹备处，到翌年6月9日在上海亚东酒楼召开第一次院务会议，宣告正式成立，延宕一年有余。一个最高学术研究机构没有像样的办公场所，却在觥筹交错的酒楼召开成立大会，实在有失学术尊严与体统，可以想见“中研院”成立初期的窘境。当蔡元培与蒋介石度过“蜜月期”，因政治理念背道而驰，渐行渐远，基本不往南京，日渐疏离于中央政府，在上海全心全意谋划“中研院”发展，借助中基会资助巨款建设理工实验馆（物理、化学和工程研究所办公楼）时，蒋介石要给这个“桀骜不驯”的学界泰斗与表率制造麻烦，不实际划拨建筑用地与建设经费情况，下令“中研院”在沪建筑停工、全部机构限期搬迁南京，无事生非弄出“院址之争”的闹剧。最终在各方协调与双方妥协之下，“中研院”在上海的地质、社会科学研究所迁南京，驻沪办事处撤销，理工实验馆的建筑计划也得以完成。
胡适以为，“中研院”这般遭遇，主要是缺乏一个保障其学术独立的“宪章”。“中研院”组织法规定其“直隶于国民政府”，院长为特任长官，经费每月由财政部颁给，“全无一点保障可以使政治势力不来干涉”。院址之争使蔡元培及其门徒认识到，“中研院”已有法规虽已确立其在研究所人事权上的独立，但在院长选举与任命、学术研究的独立与自由上没有法理保证。因此更加努力为“中研院”建章定制，1935年5月，《国立中央研究院评议会条例》颁布，规定“中研院”“研究学术之方针”、“促进国内外学术研究之合作与互助”由评议会决定，继任院长由评议会推举三位候选人，呈请国民政府遴选。这样，“中研院”无论是学术研究的自由，还是院长选举都建立了法理基础。蔡元培和朱家骅都认为“评议会条例”奠定了“中研院”的“百年大计”，胡适认为由此将“中研院”“重新建立在一个合理而持久的基础之上”。
可以说，“评议会条例”是“中研院”院长选举与任命的“宪章”，也成为“中研院”在院长选举中抵挡政治侵袭的武器。1940年3月5日，蔡元培在香港去世。继任院长选举过程中，蒋介石先是让他周围的王世杰、朱家骅等人活动，选举与“中研院”毫无关系的顾孟余为候选人，作为顾未随汪精卫叛逃的“奖赏”。后在选举前，突然下条子要求选出顾孟余。评议员以学术自由与独立的原则，凭据自己的学术良心，顶住最高权力压力，推选出他们心目中的学术领导人翁文灏、朱家骅与胡适。这次选举无论如何都是中国学术发展史上极其罕有之事，也是学术反抗国民党政治侵扰的胜利，实在值得“大书特书”。因此，傅斯年对胡适说，“此番经过，无组织，无运动”，“全凭各人之自由意志，而选出之结果如此，可见自有公道，学界尚可行democracy！”
