另一方面, 随着秘密会社叛乱的纷起, 特别是太平天国的崛起, 一个领导团练的士绅阶层也在晚清社会迅速崛起。镇压太平军的曾国藩、江忠源、胡林翼、罗泽南、李鸿章, 无不是以组织团练起家的。孔飞力在《中华帝国晚期叛乱及其敌人》一书中用很长的篇幅对村一级以及联村一级的地方防御组织进行了研究。他认为, 地方团练也是以家族、村社、市集的社会网络为组织基础的, 小团多由单姓村组成, 小团以上的大团或复合团则是以超越家族、村社的市集为范围, 并通过亲族关系建立起联系。例如: 曾国藩在“培植其军队的官兵之间个人相互义务时, 着重利用既存的同族和同乡关系”；江忠源的部队主要是“靠赏赐钱财和掳掠, 也靠亲族关系和士兵对绅士恩主的矢效忠诚”。总之, 在孔飞力的笔下, 叛军和平叛军皆共同依赖着中国传统的社会网络组织——村社——展开撕杀, 构成了19 世纪中叶中国历史独特的景貌。
《叫魂》（美）孔飞力/著陈兼、刘昶/译生活·读书·新知 三联书店2012年4月
孔飞力是解剖政治权力结构的“生理学家”。他反复研究中国的政府问题: 它是如何运行的； 统治者是如何维持统治的；人民是如何被统治的。这是一个在当时美国似乎已经“过时”的课题, 但他却长期沉醉于此, 并运用心理—功能人类学的理论, 对其进行悉心解剖。
1989 年他发表的《叫魂者》反映了他的这一学术旨趣。
《叫魂者》具体剖析了发生在江南的“剪辫案”。清乾隆33 年( 1768 年) 皇帝通过情报系统得知江南发生了汉人辫子偷偷被“巫师”剪掉, 魂魄被夺去的怪事。辫子是满族统治者统治汉族的象征, 在汉人文化中心—— 江南出了如此之“大”的案件, 居然没有大臣上报,很使乾隆帝光火, 他气急败坏地责令地方官员尽快查办此案。孔飞力主要是通过对皇帝、官僚、百姓三方心理的阐述, 来说明传统政治文化对中国晚清历史发展的影响。皇帝是因为大臣没有上报, 对各级官员的上下敷衍十分担心, 怕大权旁落；地方官员尽管已经习惯于敷衍皇帝的旨令, 但慑于“皇威”,感到不“认真”查办, 就有可能危及宦途, 便采取了向普通百姓施压的老办法, 逼供拷打是司空见惯的事; 而当地百姓早已对社会中日益增加的流民—— 道士、乞丐、泥水匠等, 感到不安, 他们对这些既非同乡, 又非同族的流民本来就抱有敌意, 因此就把他们作为指控的对象。这样, 这些流民即使不承认剪过别人的辫子, 地方官员也要想尽办法使他们“供认”,来满足皇帝的要求。孔飞力认为, 这桩审理时间长达10个月之久的案子, 是皇帝发动的意在使各级官员驯服的触目惊心的政治运动。他说, 随着帝制的衰弱, 皇帝不得不给现存的制度注入大剂量的独裁权力, 而这只有通过把某种行为确定为有可能破坏政治文化的价值观念与机制时, 通过打击自鸣得意的大臣, 巩固皇权才会十分有效。一旦皇帝的这一目标得到实现, 他便会重新回到与官僚们“相安无事”的状态。至于由此而造成的对流民的后果, 自然是一场冤狱, “因为根本就不存在巫师”,但在当时是没有人会去关心这一冤狱的。孔飞力就这样通过这件并不起眼的“小事”,精心刻划了皇帝、官僚、百姓三者在处理此案时的心态, 把清王朝进入中晚期后的政治结构和文化背景凸现出来。
