孔飞力的史学思想明显受到了50 年代以来在国际史学界占主导地位的年鉴学派的影响。年鉴学派对“总体史”的追求导致研究课题和研究领域的不断扩大。它一方面要求历史学家将社会科学以及人类学等研究方法引入历史研究之中, 进行综合研究；另一方面则要求对研究对象进行分解性质的研究, 或按横向把历史研究对象分成不同的区域, 或按纵向把社会结构分成不同的层次。孔飞力把人类学的知识与历史分析紧密地结合起来, 通过对家族、村社结构的透视, 向人们展示了一幅与一般历史阐述法组织起来不同的历史画面。在他的著述中除了上述已提及之处外, 有关族性和心理的分析随处可见, 甚至把清末发生叛乱的共同因素归结为: “一种强烈的共同体或少数民族的心理意识——因边境地区人口的复杂种族来源而变得尖锐化, 而且常常由于语言歧异而得到加强。”同时, 孔飞力一反费正清一代中国学家把研究兴趣集中在国家和省一级上层人物的学术风格, 把基层村社作为研究晚清历史的入口, 并对社会阶层作了纵向分层。在《中华帝国晚期叛乱及其敌人》中, 他把地方军事组织分为: 正统的地方军、勇( 雇用军) 、团练和异端的村社武装、股、堂；并围绕社会与这些地方军事组织的相互关系, 对其层层递进组织规模和功能都进行了确定。指出: 地方军事组织的规模和功能一般受到“交通与经济的无法改变的现实”的制约, 如果规模太大, 这些军事组织的绅士领导就无法与各组成部分保持联系；如果太小,就不可能集聚足够的人力和财力。
二
孔飞力的作品大多数发表在70 年代以后, 在此之前, 近代化理论模式主宰着整个美国中国史研究论坛, 这一理论模式的最大特点就是采取传统与近代的两分法, 把“传统”与“现代性”绝对地对立起来。其代表人物李文森( Joseph R. Levenson) 坚持认为, 由于鸦片战争后“西方文化与中国各种事物的强烈对比”,使中国思想界几乎在一夜之际就改变了中心主题, “儒家思想在经历漫长的岁月后, 由于西方入侵终于丧尽了和中国现实的联系……中国传统分崩瓦解, 它的继承人为了保存零砖碎瓦, 不得不根据西方入侵的精神加以解释”。[8]与前辈学者不同的是, 孔飞力十分关注传统对于中国近代社会的影响。他认为, 尽管鸦片战争后, 西方文明对中国传统社会产生了深刻的影响, 中国思想出现了与西方文化相应的思想, 但传统文化和传统思想仍然“活着”,它们掺杂在西学之中, 使“传统”和“近代”结成密不可分的整体。
在《太平观念的起源》一文中, 孔飞力对梁阿发引介基督教教义, 使其成为太平天国反清思想依据的实际效用进行了讨论。他指出, 梁阿发引介的教义, 中间掺杂了许多中国传统的民间信仰, 与《圣经》原典出入很大。洪秀全是在1836 年科举考试失败后得到梁阿发的《劝世良言》, 但当时仅匆匆一瞥而已, 他依然热衷于科举。1843 年洪秀全第四次应试失败, 重读了《劝世良言》, 并开始引述其中的教义批评社会弊端, 然而, 从洪秀全40 年代撰述的一些小册子来看, 批判的内容和批判背后的理想与儒家思想是一贯的, 如: 谋杀、不孝、赌博等皆为洪秀全与儒家学者共同批判的对象, 基督教的天堂也被视为与礼运大同篇的世界相一致。洪秀全只是到了太平天国临近起义时, 才深刻地理解了梁阿发引介的关于筹组公会以推翻原有社会的暗示, 金发皂袍的老人才被比附为引领中国人得救的耶和华。因此, 孔飞力得出结论: 一个外来观念要被本土社会接受, 必须与本土经验相结合；而对洪秀全来说, “调和基督教与儒家传统是完成改宗基督教的最好办法”。这一点, 还可从太平天国的制度中得到验证。
