蒋介石想利用哲学统一思想，曾4次接见哲学家贺麟，此外蒋在重庆办中央训练团，请冯友兰来讲“中国固有道德”。蒋介石思想趋传统，更青睐马一浮、冯友兰、钱穆、萧公权等国学功底深厚的学者。
据冯友兰说：“凡是从别的城市到重庆去的比较知名之士，他(指蒋介石)都照例请吃一顿饭。我差不多每次到重庆，他都送来一张请帖，请去吃饭。”到重庆时，也曾有人邀冯友兰去《新华日报》讲座，冯谢绝了。
1943年，舆论界对蒋介石专制统治的不满之声日趋激烈，蒋梦麟让冯友兰写信劝说蒋介石，由陈雪屏代转，陈雪屏称该文为“当代大手笔”，雷海宗也说“即使你(指冯友兰)写的书都失传了，这一篇文章也可以使你不朽”。据陈雪屏说，蒋介石看了这封信后，“为之动容，为之泪下”。
1945年1月，蒋介石再度宴请冯友兰，听说冯母去世，蒋说：“我不知老太太去世，如果知道，我要叫刘主席(当时河南省主席刘茂恩)去吊祭。”蒋还亲自为冯母书写了墓碑，让冯觉得“很有面子”。
因与蒋介石来往过密，联大学生画漫画讽刺冯友兰是“政治哲学家”，并称冯的《贞元六书》是为了阿谀蒋介石而作。
冯友兰与蒋介石来往密切的信息传到远在美国的胡适的耳朵里，使胡对冯的偏见日深，他曾说：“冯友兰虽曾出国门，而实无所见。他们(指冯友兰、钱穆等)的见解多带反动意味，保守的趋势甚明，而维护集权的态度亦颇明显。”
以气节论人未免残酷
其实，冯友兰此时并无仕进之心，孔祥熙要办孔教会，请冯出任会长，冯谢绝道：一是没有办这种会的必要；二是如果要办，我也办不了。蒋介石曾想让冯当国民党中央委员，也被冯谢绝。
1948年，在中研院院士推选中，胡适提名了汤用彤、金岳霖，却没提名冯友兰，而冯当时在国际学术界的影响力显在汤、金之上，有趣的是，冯友兰也没提名好友陈寅恪。
1948年12月，陈雪屏从南京飞抵北京，梅贻琦请客，约几位清华教授作陪，大家皆知陈此行目的，心照不宣，陈说谁愿走，可乘他的飞机，在座者相顾无言，不置可否，因大家“对共产党并不了解……但是对国民党我们是了解的”。
1954年，冯友兰在批判胡适运动中撰文说：“实用主义者的胡适，本来认为历史是可以随便摆弄的。历史像个‘千依百顺的女孩子’，是可以随便装扮涂抹的。”胡适则在日记中写下：“重看冯书两遍，想说几句好话，实在看不出有什么好处。”
此后冯友兰言语屡屡失当，晚年他在《三松堂》中忏悔道：“我在当时的思想，真是毫无实事求是之意，而有哗众取宠之心，不是立其诚而是立其伪。”不过，学者周质平先生认为，在非常年代，以气节论人未免残酷，他认为冯友兰善变中包含着游戏人间之意，实为讽世。
冯友兰的老师兼老友梁漱溟曾一语道破：冯貌似儒家，但从行事看，更接近道家。可惜胡适未悟到这一层。
