在清华，冯友兰展现出善于处事的长处。1930年，清华学生发起“驱罗”运动，罗家伦被迫辞职，罗的亲信杨振声、张广舆等纷纷离去，冯友兰却扛过了“倒冯”风潮，此后梅贻琦当校长，冯友兰又成了梅的亲信，冯友兰也被人戏称为“清华的曾国藩”。
被鲁迅称为“安分守己”
1930年，冯友兰将刚完成的《中国哲学史》送给胡适，胡很快回信，对《老子》写作时间这一问题提出异议。
冯友兰认为《论语》早于《老子》，因为：首先，“孔子以前，无私人著述之事”；其次，“《老子》非问答体”；其三，“《老子》之文为简明之‘经’，可见其为战国时之作品”。
胡适认为这三点均不能算是证据(后来考古发现证明，胡适的说法是正确的)。
冯友兰撰文公开回应胡适，对于第三点，竟称“我是引用傅孟真(傅斯年)先生说”，胡适认为冯这是“丐辞”。
对于胡的质疑，冯友兰再度公开答复：“我并非考据家……我的贡献就是指出现在所有证《老子》一书晚出的证据，若一一看起来，都是不充分的证据。但合起来，却是很强有力的证据。”此辩法已近乎无聊。
1930年后，冯友兰学术成绩不断，他在清华的地位也不断上升，成为梅贻琦、叶企孙之后的第三号人物。胡适此前因《中国哲学史大纲》闻名，冯友兰的哲学史研究后来居上，令二人关系微妙。
1934年，冯友兰到英国讲学，经法国、瑞士、德国后到苏联访问，最后在捷克的布拉格参加国际哲学会议。回国后，冯友兰突被何应钦部下特务捕去，原来特务们得报告称有中共代表赴俄，带回重要信息，误认为冯友兰就是中共代表。经清华校方斡旋，第二天将冯放回，何应钦并电令相关人员道歉。
一个多月后，鲁迅在给友人信中称：“安分守己如冯友兰，且要被逮，可以推知其他了。”
联大校歌究竟是谁写的
抗战爆发后，北大、清华、南开组成西南联大，由于清华实力最强(1937年时，联大全校共有教师148人，其中北大55人，南开只有20人，清华占教师总人数的50%)，故冯友兰出任哲学系教授兼文学院院长。
联大当时矛盾重重，学生在搬进新宿舍后不久，三位校长巡视，蒋梦麟认为不宜居住，张伯苓则说学生应该接受锻炼，蒋反驳说：“如果是我的孩子，我就不要他住在这宿舍里！”张伯苓则说：“倘若是我的孩子，我一定要他住在这宿舍里！”
蒋梦麟曾给胡适写信：“有时不免痛责兄(指胡适)与雪艇(王世杰)、孟真(傅斯年)之创联大之议……我发狠时很想把你们三人一人一棍打死。”
冯友兰曾将联大形容为旧社会大家庭，下面各房都有私房，却都靠着大家长活。冯友兰等人艰难维持局面，体现出教育家的风采。
北大文科不甘心被清华压制，罗常培等人多次写信邀请胡适回国重振北大，胡适未予回应。此时冯友兰亦出言不慎，一次有人拿论文《1927年以前胡适对中国文化界的影响》请教冯友兰，冯说这个题目很好，“因为过了1927，他(指胡适)也就没……没……没得影响啦”，冯甚至在课堂上也公开这样说。
值得一提的是，冯友兰还是联大校歌的词作者，此前人们多误认为是罗庸，但据《朱自清日记》，1938年10月30日，校歌委员会接受了罗庸所写歌词，可到1939年6月14日，校歌委员会又决定改用冯友兰写的歌词。
让蒋介石潸然落泪
不少人认为冯友兰因1934年被捕而倾向左派，其实后来冯友兰与蒋介石颇有来往。
