一年多后，即同治七年十二月十四日(1868年1月26日)，曾国藩在阔别京城17年之后，第一次进京面见慈禧太后和同治皇帝。此时,曾国藩已经见不到老师穆彰阿的儿子萨隆阿了。在京期间，曾国藩与慈禧太后前后有三次对谈，所谈都是裁撤湘军以及直隶练兵等军国大事。慈禧太后与曾国藩到底谈了什么呢？这里且引用几句对谈，感受一下慈禧太后的真实问话风格：“慈禧：汝在江南，事都办完了？曾国藩：办完了。慈禧：勇都撤完了？曾国藩：都撤完了。慈禧：汝一路来可安静？曾国藩：路上很安静。先恐有游勇滋事，却倒平安无事。慈禧：汝出京多少年了？曾国藩：臣出京十七年了。”
如此等等，这些问话让曾国藩内心非常不耐烦，也让曾国藩非常失望。通过与慈禧太后和慈安太后的谈话，曾国藩认为，“两宫才地平常，见面无一要语”，而同治皇帝尚小，没有和他说话，故而曾国藩说：“皇上冲默，亦无从测之。”
更令曾国藩担心的是，他发现朝廷实权其实已经掌握在军机处领班大臣恭亲王奕、文祥、宝鋆等人手中，曾国藩认为这些人权过人主。尽管恭亲王等军机大臣权力超过皇帝，但是他们几人各有缺陷，都无法担当重任。曾国藩说：“恭邸极聪明，而晃荡不能立足。”至于文祥，他虽然为人正派，但是“规模狭隘”，不懂得用人“自辅”。至于宝鋆，也是口碑很差。一句话，曾国藩对清廷已经失去了信心。
曾国藩是一个传统读书人，他的知识结构使他成为一个坚定的人治主义者。他所看到的晚清王朝的诸多弊端，也都是人事危机。然而，清王朝的危机不仅仅是一个吏治腐败问题，更根本的是延续二千余年的中国君主专制体制已经走到了尽头。在西方势力的冲击之下，中国君主专制的制度危机正在凸显出来。
