但是正如其师黄宗羲一样，万斯同也重气节，不愿当清廷的官。1678年，有大臣推举万斯同为博学鸿词科，他坚辞。1679年，大学士徐元文任修明史馆总裁，又推荐他入馆，他开始仍不愿去，但老师黄宗羲觉得这是挽救明史的好机会，劝他赴京。送别时，黄宗羲以“四方身价归明水，一代奸贤托布衣”的名言相赠鼓励他。当时，凡入史馆者至少可授七品俸禄，但万斯同赴京后，只寓居于徐元文家，不受官职，不受俸禄，以布衣身份入馆修《明史》，担任实际上的主编，前后达十九年。
万斯同对明史情有独钟，研究深入，编纂严谨。所以万斯同坚持史实至上，绝掺不得任何渣滓。清代陈康祺《郎潜纪闻初笔》载：有个运粮饷的官员，半路上遇到强盗，吓得逃到山里而死。死者的孙子怀藏白银，送给万斯同，请求他把死者附在《忠义传》里。万斯同说道：“史家之笔是中流砥柱，歪曲不得。你想让我当第二个陈寿吗？”
一脉相承的是，后来万斯同的侄子万言，又参加了《明史》的编撰工作，专门负责写明崇祯长编。好多当时重臣的后人，纷纷入京贿赂他，求他美化其先祖，以减轻其先人的罪责，万言当即严词拒绝说：“史家之笔金不换，你们不知道我的为人，难道不知道我叔叔的为人吗？”贿赂的人羞愧而退。
正是有了这样的气节和操守，万斯同编著的《明史》在二十四史中，被看成除了“前四史”，即《史记》《汉书》《后汉书》《三国志》以外最好的史著。赵翼在《廿二史札记》中说：“近代诸史自欧阳公《五代史》外……未有如《明史》之完善者。”
后来因为种种原因，万斯同的500卷本《明史稿》，被删改编辑成332卷的《明史》，虽然没有署万斯同的名字，可是历史是公正的，大家仍然记住这位布衣入馆的一代史家万斯同，对此最有贡献。
