1950年1月底，最后一批学员出发后，刘华清与徐立行率校直机关人员由浦口乘火车离开南京，向西南开进。
3月初，二野军大迁抵重庆。学校各单位分散驻在重庆市郊山洞至歌乐山一带。此前，遵照中央军委指示，在重庆成立了以贺龙为司令员、邓小平为政治委员的中国人民解放军西南军区。基于是，二野军大也改称中国人民解放军西南军区军事政治大学（简称“西南军大”）。据此，第二野战军各部的随营学校、军政干校也依序改名西南军大分校（四川、云南、贵州、西康等各地共设八个分校）。西南军大和各分校编制机构，除个别分校随部队领导变更做了调整外，基本不变。西南军大总校校长、政委，依然由担任了西南军政委员会主席的刘伯承兼任，徐立行仍为教育长，刘华清依然担任校党委书记兼政治部副主任，但教学对象发生了根本变化。
按照西南军区指示，军大总校接收国民党各级军官7000多名，其中上校至中将1500名。这些人绝大多数属起义或投诚军官，极少数是被俘的。但刘华清清楚，他们与解放战争初期、中期起义、投诚的国民党军官是不一样的：其中大部分人并非是真正分清了是非，弃暗投明，而是战斗到最后，走投无路使然。他们中间虽然也有左、中、右的区别，但总的看，反动立场、观点根深蒂固，态度比较顽固。要使这些人彻底转变立场、观念，站到人民一边，绝非易事。针对这种情况，刘华清主持召开党委扩大会进行了多方面的分析研究，制定了一系列政策和措施。
4月29日，由1000多名上校以上国民党军官组成的高级研究班举行开学典礼。在典礼仪式上，刘华清做了动员讲话。讲话中，他在具体阐释教学方针、教学计划的基础上，开诚布公地强调，在教学中要坚持教学民主、理论联系实际、批评与自我批评等五个原则。他说，教育内容以历史唯物主义为重点，主要课程是中国近代革命史和社会发展史，辅以形势、政策教育。不管什么课程，都提倡“自由思想”，在学习中自由地研究问题、讨论问题，讲心里话、暴露真实思想。在联系实际、实事求是的研讨中辨明是非，提高觉悟，明确自己的人生方向。
进入西南军大的国民党军官，无论是被俘的，还是起义、投诚的，入学前都心存恐惧和疑虑，认为这里名义上是学校，实则是“集中营”“感化院”，自己也不是什么学员，而是被送来软禁、“变相监视”的。到校后，他们受到热烈欢迎，领导、教工嘘寒问暖，整洁的住房、良好的饮食，有序而宽松的管理环境，使大家都深受感动。学习结业，高级研究班31名学员联名上书军大党委，感谢各级党组织的培养教育，表示坚决服从组织分配。
12月中旬，各教学班学员先后结业，分别举行了结业典礼。在西南军大总校学习的7000多名国民党军官，除极少数混进学员队伍的匪首、恶霸、现行反革命分子，按照有关规定移交政法部门查处外，学校党委均根据学员的表现、专长和健康状况，进行了妥善安置。
安置去向公布后，学员们大喜过望。大家一再真诚地向学校表示感谢，很快离校开始新的生活。若干年后，这些人中很大一部分在工作岗位上做出了突出成绩，有的还成长为军地中高级干部或专业人才。
1951年1月，按照中央军委的统一规划，西南军大改建为中国人民解放军第二步兵高级学校。西南军区副司令员兼参谋长李达任校长兼政委，余秋里任副政委，徐立行任副校长兼训练部部长，刘华清任政治部主任。学校的任务，除保留一个学员队继续举办改造国民党军官的高级研究班外，主要进行正规的步兵军官教育。
刘华清参加了学校改建和教学调整工作。同年9月，他被任命为第十军副政治委员兼政治部主任。（未完待续）
