第一二九师供给部设政治部不设政委，组织、宣传、保卫和民运等整个供给部的政治工作，全由政治部主任负责。刘华清到任后，找了一名熟悉情况的干部陪同，骑着马到一些重点仓库、军械修理所、被服厂等单位，做了调查，发现问题很多。当时，枪支弹药是最宝贵的，但有的库存枪支竟全都生了锈。其他物资，损毁、丢失现象也大量存在。查其原因，主要是部队组织纪律松懈，管理不到位；部分干部贪图安逸，工作马虎，甚至生活上贪污腐化。刘华清如实向邓小平、刘伯承汇报了情况，建议立即对供给部进行整顿。师党委、首长一致支持刘华清的意见。
通过整顿，供给部上下团结，大家工作热情空前高涨。1940年6月，第一二九师根据中共中央、八路军总部的指示，把边区纵队供给部合并到师供给部，使师供给部在生产、筹措物资的质量、数量，保障、供给水平方面都大幅提高。在是年秋进行的百团大战等战役战斗中，供给保障任务完成出色，受到部队普遍欢迎和师首长的好评。
百团大战后，八路军部队有了较大发展。1938年春成立的冀南军区，由初始以地方部队为主，发展到辖有5个军分区、14个主力团。根据地也扩展到西连太行，东临山东，南接豫北，北通冀中，约2800平方公里的广大地区。第一二九师原旅长、东进纵队司令员陈再道任军区司令员，第一二九师政治部原副主任、东进纵队政委宋任穷任军区政治委员，多名红军干部、战功卓著的将领在这里担任领导工作。但由于部队发展快，官兵中很大一部分是地方原先的游杂武装、社会青年转的，党组织不健全，部队组织纪律观念也较差。1940年11月底，一二九师党委、首长专门开会研究了这一问题。大家一致认为，所以出现这种情况，主要是部分新入列的官兵对人民军队的性质、宗旨缺乏认识，头脑中党的观念淡薄。下一步必须在这些部队集中抓一下政治建军教育，要加强党的建设，增强官兵党的观念，解决建立“党军”的问题。根据邓小平的提议，会议研究决定，将刘华清调往冀南军区，任政治部组织部副部长，后任部长。
刘华清到任后，在军区政治部主任刘志坚直接领导下，遵照邓小平关于要贯彻落实建设“党军”问题的指示，从健全党的领导体制入手，抓了政治建军。在此基础上，开设政治课，有步骤地对部队进行传统作风、纪律、政策教育。与之相随，组织各军分区部队开展了创建模范党支部活动。随着这些工作和措施的落实，军区部队政治面貌焕然一新，官兵组织纪律观念显著增强。刘伯承、邓小平等师首长到军区一些新组建的部队视察后很高兴，说“像人民军队、党的军队的样子了”。
1943年9月，刘华清作为政治骨干被选调参加了北方局党校的整风学习。整风学习尚未结束，1944年6月初一天，刘华清接到上级通知，要他迅即到八路军前方总指挥部（此前，一二九师师部已与八路军前方总部合并），邓小平政委找他谈话。他立即向主持党校工作的杨献珍请假，弄了一匹马，星夜赶往八路军前方总部。
见到刘华清，邓小平很高兴。简单询问了北方局党校整风学习情况后，邓小平说：“这几年你的学习工作表现不错，进步很大。根据中央指示，冀南和冀鲁豫两军区合并为新的冀鲁豫军区，急需干部。现决定你去担任新军区组织部部长。你抓紧去报到，把工作抓起来。”接受任务，刘华清当即挥鞭上马，赶往冀鲁豫军区机关驻地范县报到。
1944年底，世界反法西斯战争已处于最后斗争的前夜。形势发展使刘华清备受鼓舞，他再次向邓小平表达了希望到前线带兵打仗的愿望。1945年元旦后，组织上满足了他的要求，调任他为冀鲁豫军区第六军分区政委。当年10月下旬，部队整编后，他被调任为第二纵队第六旅政委。
