此后，从对日军最后一击，直至整个解放战争期间，刘华清都率部拼杀在战斗第一线。刘华清与邓小平再没有面对面直接的工作接触，所有的是一次次军事会议上匆匆见面，简短的嘱托、问候。但是，邓小平密切关注着刘华清的成长进步。
1949年春，遵照中央军委指示，全军统一整编，刘邓大军（即原第一二九师，晋冀鲁豫野战军、中原野战军）改称第二野战军。刘华清被任命为第二野战军第十一军政治部主任。他与邓小平再度相见，已是1949年9月，全国解放大局既定，新中国诞生前夕了。
历史转折关头，邓小平委以新责重任，刘华清不辱使命
1949年5月23日，中共中央军委电示总前委：“二野亦应准备于两个月后以主力或全军向西进军，经营川黔康”，将解放、开辟和建设大西南的任务交给了刘伯承、邓小平统率的第二野战军。
5月底，刘华清（已被任命为金华市军管会主任）在刚解放的金华市接到命令，任第二野战军军事政治大学（简称“二野军大”）党委书记兼政治部副主任，并被要求即刻前往报到。
接到命令，刘华清迅速赶到南京接受任务。是时，邓小平在上海主持华东局工作，刘伯承和参谋长李达接见了他。刘伯承历来讲话简洁明快，与刘华清的谈话依然如是：新解放了大片土地，解放军本身也不断扩大，建军、建政都需要大量干部。现在军委已经把解放、建设云、贵、川、康大西南的任务交给了我们。所以，解决干部问题，是当前最迫切的任务。这是个新任务，有困难，要想办法克服。我们会全力支持你，但工作靠你带大家去干，还要干好。
二野军大，前身是中原军区军事政治大学。渡江战役后，于5月4日由河南许昌迁到南京。考虑到培训任务的需要，二野经请示中央军委批准，扩充了编制，同时改称第二野战军军事政治大学。校长、政委，均由刘伯承兼任。特种兵纵队参谋长徐立行任教育长，刘华清任党委书记兼政治部副主任。此外，学校再没有其他领导。学校日常工作，由徐立行和刘华清一起主持。
学校初建，且要大批招生，工作千头万绪。刘华清到任后，首先抓组织工作。他和徐立行经反复研究，从随迁的中原军大的工作人员和部队中调整了一批有办学经验、有带兵经验的干部，担任校务部、供给部、卫生部，以及政治部所属的组织、宣传、保卫等各部门领导和工作人员，并发动大家各司其职、各尽其责，迅速展开开学准备工作。
二野首长对军大办学、招生非常重视。6月23日，军大正式开学。在这前后，兼任着校长、政委的刘伯承司令员，二野副政委张际春、参谋长李达都先后到军大视察，做过报告。9月初，主要课程基本结束，学员快毕业了，学校突然接到通知，邓小平要到军大看望大家。刘华清非常高兴：“邓政委这时来，正好给学员做一个毕业分配的动员报告。”
9月12日，邓小平到了军大。他首先听取了刘华清关于教学情况及学员思想状况的汇报，看了相关的材料。接着，刘华清陪同他视察了学校的校舍环境，看望了教员、学员。邓小平对学校的工作，特别是广大学员的精神面貌，十分满意。最后，他给全校教师、学员做了一次令人难忘的报告。
报告开始，邓小平开宗明义地提出：“我今天给大家讲一个问题，题目叫‘过关’。古代关云长‘过五关，斩六将’，今天的革命青年要过的‘关’无数，但大关只有三个，一个是帝国主义关，一个是封建主义关，一个是社会主义关。”他说，这三个“大关”，每个参加到革命营垒的人必须要过，问题是有人过得去，有人过不去。那么，这“三关”怎样才过得去？我要说，“三关”过得好不好，关键在于立场。立场站稳了，就过得去；立场没有站稳，关就不好过。如果脚踏实地，站得稳稳的，就可以克服一切困难。要站在牺牲自己一切，为人民谋解放、为人民大众服务的立场上，这就叫无产阶级立场，也就是革命者的品质。为人民服务，就要抛弃一切个人利益、名誉地位，这才符合人民大众的利益。邓小平的讲话既有理论又有生动鲜活的实例，且语言风趣幽默。
