二战中琥珀屋神秘消失
日子长了，琥珀屋便遇到了保存问题。圣彼得堡气温陡升骤降，冬季室内高温取暖，加上建筑群之间常有急速的穿堂风，这些都不同程度影响了琥珀屋的饰品，艺术品褪色、开胶和脱落时有发生。沙皇曾在1833、1865、1893至1897年间，苏联政府曾在1933至1935年间多次进行大规模修缮。苏联最大的一次修缮是在1941年，即苏德战争爆发的当年，也是琥珀屋彻底消失的前夕。
史书记载，苏联文物部门在战争伊始便对琥珀屋采取了保护措施。据悉，苏联曾打算将琥珀屋转移至新西伯利亚市藏匿。但此方案遭到专家反对，理由是琥珀屋乃精致易碎品之物，拆卸、打包和搬运极易损坏国宝，损失不可估量。专家们最终决定就地伪装和坚壁琥珀屋。为了防止德军轰炸列宁格勒时，震坏琥珀屋里的名画，苏联专家还采取在琥珀贴画的表面糊纸、裹纱布和塞棉花等防护措施。
但是，史料显示，在列宁格勒战役中，德军占领了皇村的沙俄皇宫。德军发现琥珀屋后，将其拆卸并运往德国，并藏匿于德国柯尼斯堡的皇家城堡内，由德军日夜守卫。藏宝的大厅面积小于叶卡捷琳娜皇宫，琥珀屋有一部分放不下，只能另存他处，这就造成琥珀屋部分组件脱离主体而单独存放，也是琥珀屋艺术品遗失的开始。1944年，英军大规模轰炸柯尼斯堡，使全城陷入火海，数万人被炸死。有目击者说，皇家城堡的藏宝厅被炸塌，德军在轰炸间隙，将琥珀屋转移到城堡的另一大厅里藏匿，琥珀屋得以躲过大轰炸而幸存。1945年4月9日，苏联红军攻击柯尼斯堡城，德国守军一面做困兽之斗，一面顺暗道撤军突围，战斗打得异常惨烈，德苏两军和市民均有很大伤亡。4月11日，藏匿琥珀屋的皇家城堡突发大火，琥珀屋受损与否无人知晓，此时，战局堪危，国宝守军已撤，琥珀屋从此不知所踪。
到1946年，二战的硝烟刚刚散尽，苏德便开始搜寻琥珀屋，但一无结果。寻找者都认为它已不复存在，要么毁灭于柯尼斯堡大轰炸，要么殒命于轰炸之后的全城大火。有专家提出，琥珀屋在战时已经从柯尼斯堡运抵德国科堡市，还有人猜测，说琥珀屋藏在东德盐矿或美国的银行保险库里。欧洲还一度流行琥珀屋已坠入深海的说法，这一说法指称1945年1月30日，琥珀屋被装上了纳粹德国邮轮古斯特洛夫号。据史料记载，该船当日从波兰北部的格丁尼亚港撤离计约10582名被苏军围困在东普鲁士的德国平民、伤兵及海员，本应经波罗的海返回德国基尔港，熟料途中被苏联红军С-13潜艇击沉，古斯特洛夫号上共有9343人遇难，琥珀屋与死难者一道沉入了波罗的海海底。
二十年前屋内原名画现身
然而在上世纪90年代，琥珀屋中的一件稀世珍品突然现身，它就是极其名贵的意大利佛罗伦萨风格的马赛克画《触觉与嗅觉》。它完成于1787年，是沙皇叶卡捷琳娜二世高价向意大利画师订购的三幅作品中的一幅，并悬挂于琥珀屋中。
此画一露面就引起轰动。调查表明，这幅画的主人是一位曾在叶卡捷琳娜皇宫参与劫持琥珀屋的德国军官，在运送琥珀屋时监守自盗。他将《触觉与嗅觉》偷走，藏在德国不莱梅的一家公证处。多年过去，德军军官或死或失踪，不再认领名画，不莱梅公证处遂伺机变卖，不料遭人检举，《触觉与嗅觉》遂被德国政府没收。后来，公证处同意将它捐赠给不莱梅城市博物馆，而该博物馆又决定将其交还俄罗斯圣彼得堡叶卡捷琳娜皇宫博物馆。
2000年4月29日，德国文化部部长诺曼前往俄罗斯，向当时的代总统普京交还琥珀屋的部分散件：即《触觉与嗅觉》和1711年由柏林工匠制作的琥珀五斗橱，后者在琥珀屋的名贵家具中占有核心地位。
