自李远哲以来，三位“中研院”院长全是化学出身；自钱思亮以来，五位院长全是科学出身，而此前的四位院长，只有朱家骅是地质出身，但还是官僚政客。
6月21日，加州大学洛杉矶校区化学与生物分子工程系、生物工程系主任廖俊智教授就任台湾“中研院”院长，因前任院长翁启惠涉嫌“浩鼎案”而起的新任院长选举的纷纷扰扰似乎终可告一段落，不想7月4日召开的院士会议上，项武忠院士仍不认可廖俊智，表示已连署五十多位院士，要求修改“组织法”。2014年当选“中研院”院士的廖俊智，大多数院士此前并不认识他，人望似乎不够。虽然他就任院长时曾表示不参与政治，只专注于学术，但他多被认为属于蔡英文一系。作为最高专门学术机构，“中研院”一直寻求学术独立于政治，但在过往近九十年的历程中，政治无时不侵扰着学术。2008年，“中研院”成立八十周年之际，为表庆贺，曾出版《追求卓越：中央研究院八十年》，第一卷为陈永发院士主稿的《任重道远》，“以历任院长为经，任内重要事迹为纬，交织成篇”，其间就披露了不少政治干涉“中研院”院长选举、任命及其学术发展的事例。
“中研院”的成立被认为是国民党新贵与以蔡元培、李石曾、张静江、吴稚晖为代表的国民党元老为了共同对付国民党左派而达成的一种政治妥协，是政治斗争的产物。蔡元培担任首任院长自然众望所归，但“中研院”在其治理下却是步履维艰。从1927年5月9日成立筹备处，到翌年6月9日在上海亚东酒楼召开第一次院务会议，宣告正式成立，延宕一年有余。一个最高学术研究机构没有像样的办公场所，却在觥筹交错的酒楼召开成立大会，实在有失学术尊严与体统，可以想见“中研院”成立初期的窘境。当蔡元培与蒋介石度过“蜜月期”，因政治理念背道而驰，渐行渐远，基本不往南京，日渐疏离于中央政府，在上海全心全意谋划“中研院”发展，借助中基会资助巨款建设理工实验馆（物理、化学和工程研究所办公楼）时，蒋介石要给这个“桀骜不驯”的学界泰斗与表率制造麻烦，不实际划拨建筑用地与建设经费情况，下令“中研院”在沪建筑停工、全部机构限期搬迁南京，无事生非弄出“院址之争”的闹剧。最终在各方协调与双方妥协之下，“中研院”在上海的地质、社会科学研究所迁南京，驻沪办事处撤销，理工实验馆的建筑计划也得以完成。
胡适以为，“中研院”这般遭遇，主要是缺乏一个保障其学术独立的“宪章”。“中研院”组织法规定其“直隶于国民政府”，院长为特任长官，经费每月由财政部颁给，“全无一点保障可以使政治势力不来干涉”。院址之争使蔡元培及其门徒认识到，“中研院”已有法规虽已确立其在研究所人事权上的独立，但在院长选举与任命、学术研究的独立与自由上没有法理保证。因此更加努力为“中研院”建章定制，1935年5月，《国立中央研究院评议会条例》颁布，规定“中研院”“研究学术之方针”、“促进国内外学术研究之合作与互助”由评议会决定，继任院长由评议会推举三位候选人，呈请国民政府遴选。这样，“中研院”无论是学术研究的自由，还是院长选举都建立了法理基础。蔡元培和朱家骅都认为“评议会条例”奠定了“中研院”的“百年大计”，胡适认为由此将“中研院”“重新建立在一个合理而持久的基础之上”。
可以说，“评议会条例”是“中研院”院长选举与任命的“宪章”，也成为“中研院”在院长选举中抵挡政治侵袭的武器。1940年3月5日，蔡元培在香港去世。继任院长选举过程中，蒋介石先是让他周围的王世杰、朱家骅等人活动，选举与“中研院”毫无关系的顾孟余为候选人，作为顾未随汪精卫叛逃的“奖赏”。后在选举前，突然下条子要求选出顾孟余。评议员以学术自由与独立的原则，凭据自己的学术良心，顶住最高权力压力，推选出他们心目中的学术领导人翁文灏、朱家骅与胡适。这次选举无论如何都是中国学术发展史上极其罕有之事，也是学术反抗国民党政治侵扰的胜利，实在值得“大书特书”。因此，傅斯年对胡适说，“此番经过，无组织，无运动”，“全凭各人之自由意志，而选出之结果如此，可见自有公道，学界尚可行democracy！”
对学术界这民主的“表演”，蒋介石自然“怀恨在心”，他在院长人选的遴选与任命上的行为，充分显现了学术独立与自由的限度。三位候选人此时都肩负抗日大任，翁文灏是蒋介石经济方面最为倚重的助手，朱家骅为国民党党务第一人，胡适担任争取美国支持的驻美大使。最初，蒋介石似乎属意排名第三的胡适，由此各路人马四处活动，演出撤换驻美大使风波，直到8月初才最终确定胡适留任。至此，“中研院”已五个月没有院长，其运行遭遇极大困难。9月18日，蒋介石最终颁令朱家骅代理院长。他没有选择在学术上成就卓著、在国际学术界也具有声望，而且愿意担任院长的翁文灏；而选择了在学术上毫无建树、纯粹的官僚朱家骅，而且是代理。
对院长一职并不热衷的朱家骅虽“一再恳辞”，但“未蒙允准”，只得勉为其难接任，迎接他的是更为逼仄的学术发展空间。蒋介石本欲借助蔡元培去世将“中研院”降格为行政院下属机构，院长等同于部会长官，可以直接任命而非民主选举。因优先考虑顾孟余，未能立即实行。正所谓“上有所好，下必甚焉”，有人在国民党中央全会上提出议案，将“中研院”划归教育部或考试院。虽经私下斡旋，议案未能通过，但“中研院”的发展境况可以想见。
朱家骅一代理就是十八年。1957年8月4日下午五点多，蒋介石夫妇突然光临南港“中研院”，朱家骅自然不在，工作人员也大多下班，大门紧闭。卫士入院交涉，只有身穿汗衫短裤，脚拖日本式木屐的严耕望随卫士前来报告。日后成为隋唐交通史大家的严耕望，陡然间面见蒋介石自然不知所措，蒋介石见严耕望装束，以为“中研院”研究人员服装不整，缺乏规矩，拂袖而去，并归罪于朱家骅。不得已朱家骅只得“心不甘、情不愿”上书辞职，9月初获准。
朱家骅一生对“中研院”贡献甚大，如在大陆时期扩展研究机构，选举首届院士完成“中研院”体制，赴台初期苦心孤诣维持，并以自己掌控的中英庚款救助，恢复评议会和院士会议等。后任院长胡适去世后，他“仍有廉颇之志，颇思当仁不让”，一洗自己从未正式担任“中研院”院长之耻，在评议会选举中票数第二。但蒋介石对他偏见极深（主要是对朱家骅追随代总统李宗仁南下广州耿耿于怀），圈选了票数名列第三的王世杰。
蒋介石强令朱家骅去职后，示意选举胡适接任。（新竹）清华大学校长梅贻琦便心生不满：“胡先生如能当选，自会选出，我们并不奉他人的意见而选举。”评议会选举时，时任教育部长张其昀四处拉票，梅贻琦不得已也投了他一票。结果是胡适、李济成为第一、第二候选人，第三候选人难产。1957年11月，蒋介石任命胡适为院长，因胡适生病住院，以李济代理。为表诚意，蒋介石允诺胡适可以不必长年待在台湾，并从《苏俄在中国》一书的外译版税中拿钱在“中研院”园区兴建一幢带有庭院的小洋房，作为胡适办公和住宿楼（现为胡适纪念馆）。胡适回国就职时，蒋介石亲到南港主持典礼。可见，蒋介石对胡适的殷殷期望与借重。不想，蒋介石在典礼中无意批判了“五四”新文化运动，胡适直接反驳说：“总统，您错了。”
胡适作为学术领导人和自由主义大师，在威权时代的台湾，其言论和行动也受到限制。他对中国文化的批判，引起文化保守主义者的批评和声讨，甚至引起情报部门的不满，说他是国民党丢失大陆的罪魁祸首：因他鼓吹全盘西化，造成思想真空，中共乘虚而入。胡适任内，克服各种困难，使“中研院”“在开放中一步一脚印地进步”。
1962年2月，胡适在院士会议晚宴兴奋过度，心脏病突发去世。朱家骅、王世杰都铆足劲拉票，结果脱颖而出的是具有国际声望的物理学家吴大猷，“中研院”似乎可以迎来第一位真正的科学家院长。不想吴大猷因家庭原因拒任。王世杰这位蒋介石的“秘书”（陈寅恪语），放弃政府职位，专任院长。
法学出身的王世杰，曾任武汉大学校长，后弃学从政，历任教育部长、军委会参事室主任、国民党宣传部长、国民参政会秘书长、外交部长等重要职位，1948年当选为首届“中研院”院士。到台湾后，任“总统府”秘书长，因处理香港两航案被蒋介石免职，转任陈诚内阁政务委员。王世杰到“中研院”后，备受内外“质疑与掣肘”。院内有力人物如史语所所长李济、植物所所长李先闻，都是纯粹的学人，向来厌恶学而优则仕，“尤其不乐见政治人物回到学术机构担任主管”。他们从不给王世杰颜面，事事与他过不去，会议时一言不合即离席抗议。甚至王世杰自己从台湾大学理学院院长位置上带来的总干事、地质学家阮维周也不与他合作。
院外，“立法院”准备了巨量的火炮，李敖、张其昀、何浩若等更是武库满满。1963年，王世杰初次到“立法院”，被“立法委员”围攻，甚至有人指责史语所研究人员“不识字，看不懂古书”，引起王世杰的强烈反弹：“任何政府机关无权干涉私人著述古书。”1965至1966年间，李敖指控王世杰当年签署中苏友好同盟条约“卖国”，在香港两航案中“蒙混舞弊，不尽职守”。1967年，有报纸反对王世杰以高薪延聘美国学人的计划，接着“立法院”“炮声隆隆”，张其昀在中央党部谰言攻击。年底，“国防研究院”（张其昀为主任）讲座教授何浩若指责近史所所长郭廷以在王世杰庇护下，勾结费正清，“出卖国家利益”。不久，李敖再次发文攻击王世杰有卖国前科。翌年年初，“立法院”委员汇集张其昀、李敖的不实资料，诬称王世杰与胡适、蒋廷黻、蒋梦麟、叶公超形成“勾结费正清导致中国大陆失陷”的卖国集团。与此同时，罹患严重偏执幻想狂的史语所副研究员徐高阮也公开发表文章，指称王世杰正统帅一批具有留美背景的年轻学人许倬云、李亦园等阴谋改造“中研院”。内外夹击，蒋介石并无鲜明支持态度，王世杰引为奇耻大辱，屡次提出辞呈，不得获准。
1970年，蒋经国出任“行政院”副院长，已成全面掌权态势。为控制台湾大学，指派与党政关系密切的阎振兴替代已执掌台大二十多年的钱思亮，为安排钱思亮，蒋介石明讽暗示王世杰辞职。4月，王世杰再度提出辞呈获准。继任院长候选人选举时，谣言满天飞，多以为蒋经国属意阎振兴。评议员多为官员，海外院士害怕他们受摆布，曾联名推举候选人。选举结果，钱思亮第一，吴大猷和阎振兴随后。钱思亮曾长期担任北京大学教授，深受蔡元培学术独立思想的影响，总是竭尽所能抵挡政治对学术侵扰，但任内还是免不了受制于权力。他出任院长期间，正是台湾多事之秋。随着尼克松访华，台湾当局加强对孙中山思想的研究，命“中研院”创设三民主义研究所。虽有评议员根据“中研院”组织法，指称三民主义研究所不在规定范围之内，予以“杯葛”，但筹备处还是如期成立。主事者选取人才时始终强调人文社会科学的训练，所聘人员并无三民主义和国父遗教专家，他们拒绝成为为“国民党思想控制服务的所谓御用学者”。
随着北京与华盛顿关系的解冻，大批“中研院”院士访问大陆，当局和舆论都要求惩治这些院士。钱思亮以院士是终身名誉职务，不具备公职人员身份，坚持不予公开谴责或惩处。直到1978年2月，台大数学系教授项黼宸院士由台湾潜往大陆，院方终抵挡不住外来压力，将其除名。此后，何炳棣、张捷迁、顾毓琇等先后被中止院士职权。因钱思亮一直坚持反对公开除名院士，为日后大批赴大陆参观院士回归台湾奠立了基础。在吴大猷时代，被拒绝往来的杨振宁、李政道、何炳棣、张捷迁、陈省身、顾毓琇、林家翘等相继到台湾参加院士会议，为台湾科技发展献计献策。
1986年6月，钱思亮积劳成疾，一病不起。继任院长选举风潮涌动，评议员中政府官员和教育官僚都有所行动，海外院士害怕蒋经国强力介入，再次连署推荐。投票结果，吴大猷以接近全票名列第一，第二、第三分别是蒋经国心腹阎振兴与其心脏病医生余男庚。吴大猷是中国培养的第一批物理学本科毕业生，是第二代物理学家的代表人物，国际闻名的物理学大师。他从1956年开始就深深介入台湾科学事业发展中，曾任规划台湾科学发展的科学指导委员会（“科导会”）主任。在此期间，他认为原子弹目标只针对大陆，是“同胞相残”，劝阻蒋介石发展核武器计划，支持原子能和平利用，建议设立原子能委员会管理核能研究，以免军方擅权用于军事发展。因此与蒋经国产生矛盾，并被人骂为汉奸，“科导会”主任一职成为闲职。1978年，吴大猷从纽约州立大学布法罗分校退休后全职回台，也基本上被闲置。
蒋经国虽有意直接控制科技政策，但他深知学术界公义不可轻侮，只得任命吴大猷为院长。吴大猷以他的国际声望，积极寻求“中研院”学术研究领域的扩展与研究水准的提升，他主张科学研究与政治分开，努力推进两岸关系的发展，并于1992年夏天在李政道的陪同下回到阔别半个世纪之久的大陆，出席国际学术会议之外，访亲问友。虽然如此，他的决策与举动仍不断受到“立法委员”的质疑，特别是随着台湾民主化进程的推进，预算会议也有民进党立委出席，“他便战战兢兢，有时为了准备质询，忙得满头大汗”。1993年5月3日，八十六岁高龄的吴大猷从上午九时到晚上八时（中午休息两小时）在立法院预算审查会议上连番受到民进党“立委”的冷讽热嘲甚至语言侮辱，被陈永发先生名为“吴大猷院长最长的一天”。年高德劭的吴大猷自然受不了这般耻辱，当年10月向李登辉提交正式辞呈。翌年1月，获准辞职。
吴大猷提交辞呈后，一些立法委员不顾“中研院”院长候选人选举规则，三度临时提案，推举李远哲担任院长，直接干预院长候选人的选举。在院长候选人临时评议会上，有人建议候选人发表政见。吴大猷闻言勃然大怒，强调学术自有其尊严，院长选举不能政治化与世俗化，候选人是靠学术声望得选，不是靠迎合取宠的演讲，更不能像政治选举一样，请客送礼、拉票拜票、人身攻击。选举结果是李远哲获得四十九票中的四十五票，成为第一人选。
李远哲是台湾土生土长的化学家，1961年获（新竹）清华大学硕士学位后留美，1974年加入美国籍。1986年因“在应用分子束技术方面做出突出贡献”与另两位化学家荣膺诺贝尔化学奖。“中研院”此前在台时期的历任院长都来自大陆，终于出现了一个学术成就和学术声望都可堪任院长的台籍人物，自然被寄予厚望，李登辉也全力邀请他回台服务。1994年，李远哲接受任命，放弃美国籍，全心全意为台湾学术发展服务，并修改“中研院”组织法，规定院长一任五年，可连任一届。
李远哲是“中研院”第一位诺奖院长，他希望以十年时间使“中研院”更上一层楼，成为亚洲第一、世界一流的学术研究机构。与以往各位院长尽力维护学术独立，阻隔“中研院”与政治权力不同，他积极介入政党政治。2000年台湾地区领导人大选前夕，他发表文章为陈水扁背书，并担任支持陈水扁的国政顾问团团长。陈水扁当选后，担任跨党派小组召集人。他不仅自己参与政治活动，也鼓励院内科研人员批判时政，甚至兼任政治职务，走向学官两栖或弃学从政。因此，在他任内，不少的“中研院”科研人员被借调担任各种政府职务，如蒙藏委员会委员长、“国家安全会议”副秘书长、金融监督委员会主任、经济建设委员会主任、省政府委员、“国史馆”馆长、故宫博物院院长、财政局长等等。李远哲支持学人从政的初衷，是认为“中研院”同人进入肮脏的政治圈子之后，“白的进去，把红的也变成白的”，不仅自己能全身而退，而且还能改善政治。可事与愿违，有些人积极求官，千方百计延长借调时间，一些人不仅没有以他们的专业素质改善政治，反而贪赃枉法，成为阶下之囚，使学界蒙羞。
李远哲的政治态度，自然也给“中研院”的发展带来影响。李远哲上任之初，受到“立法院”委员的一致尊敬和爱戴，这是此前各位前辈没有的礼遇。但他助选陈水扁，自然引起在野党“立委”的反感，曾遭遇“立法院”冻结“中研院”总预算的危机。2006年10月，李远哲任期届满，基因体中心主任翁启惠等六位院士发起留任连署，被“立法委员”批为“马屁文化”，并援引袁世凯谋求称帝时所谓的“六君子”讥讽李远哲及六位院士。李远哲深受刺激，选择离开。
翁启惠在继任院长选举中票数最高，被陈水扁遴选为新任院长。翁启惠是国际闻名的生物化学家，台湾大学毕业后，曾在“中研院”任职。后留美，1994年当选“中研院”院士，2002年荣膺美国科学院院士。李远哲殷鉴不远，他就职以后宣布不介入任何政治活动。不想在第二任任期最后阶段，卷入“浩鼎科技”案，牵涉利益输送，将“中研院”抛入舆论漩涡，自己也不得不宣布辞职。翁启惠是“中研院”历史上第一个因为这种原因去职的院长。
新任院长选举过程中，评议会需要在现任副院长王汎森、廖俊智、郭位（香港城市大学校长，马英九同学）及吴茂昆（前东华大学校长）四人当中选出三人。选举过程中，因临时改变程序，致使争议不断。据说，李远哲有操控选举的嫌疑。无论如何可以看出，自李远哲以来，三位“中研院”院长全是化学出身；自钱思亮以来，五位院长全是科学出身，而此前的四位院长，只有朱家骅是地质出身，但还是官僚政客。
廖俊智就任后，对“立法院”、外界批评“中研院”院士涉入政治过多（如连署陈水扁保外就医）的质询，表示院士是名誉职，他们有个人政治理念和社会关怀，院长没有权力管。其实，爱因斯坦也曾积极参与政治，痛斥纳粹的反人类行径，呼吁原子能的和平利用，还花不少时间撰写无聊至极又天真之极的政治小册子。但其间有一个需要把握的度，不能因此而荒废学术。爱因斯坦就从不把政治看得那么重要，正如他对助手所说：“我们不得不把时间分一下，一些给政治，一些给咱们的数学式；不过，对我来说，数学式比政治重要多了，政治都是关注一时的事，一个数学式可以永世长存。”
政治追求的是实用，是个人或团体之私利；学术追求的是真理，是人类知识之扩展，学术与政治之间具有天然的排斥性。问题是，随着科学的发展，学术研究已经完全不同于它早期以个人爱好为特征的时代，已完全体制化与职业化，进入所谓的大科学时代。特别是随着国家科学政策的出现，政府与政府资助在学术发展上的作用与地位越来越重要。学术一方面要求独立于政治，一方面又需要政府的大量经费，如何把握与界定学术与政治之间的关系，就成为值得不断探讨与思考的问题。
录入编辑：洪振雷
