此外，按照2013年12月9日商洛市政府专项问题会议形成的《关于市博物馆提升改造有关问题的会议纪要》，当年12月30日，商洛市博物馆与凯华公司签订了一份《改造拆迁补偿协议》。
协议约定，按照“面积不变，相互置换”的原则，在保持博物馆总用地面积11.62亩不变的情况下，将博物馆现在的不规则形状，调整为以四座古建筑为中轴线的规则形状。调整后规划及新建博物馆方案，待上级批复和博物馆设计方案确认后实施。
但协议又约定，为了不影响项目建设进度，博物馆同意凯华公司可在博物馆局部先行砌筑项目围墙，围墙内危房两座需拆迁、树木需移栽，石碑需移栽。
刘作鹏说，按照这份协议，博物馆所在的大云寺现状将被改变，且凯华公司可在未经批准的情况下先行施工，“这是有悖文物法的。”但在他到任之时，这份协议已被实施。
陕西省文物局多次发文制止无果
事实上，西街片区旧城改造项目启动后，陕西省文物局曾两次向商洛市文广新局发文，否定关于大云寺的改造方案。
2012年7月23日，陕西省文物局向商洛市文广新局发出“陕文物函【2012】240号”《关于商洛市西街片区旧城改造有关问题的意见》。
针对后者提交的《关于商洛市西街片区旧城改造涉及大云寺有关问题的请示》，陕西省文物局表示，保护大云寺就必须真实、完整地保存大云寺的历史格局，保持大云寺的历史环境风貌，不同意按照“征一补一”的原则改变大云寺的现有布局。
陕西省文物局指出，商洛市西街片区旧城改造规划与陕西省政府公布执行的规章有明显出入，建议对该规划进行调整，与省政府规章相统一。在大云寺建设控制地带内进行项目建设，不得破坏大云寺的历史风貌，并应依法履行报批程序。
而就在商洛博物馆《改造拆迁补偿协议》出炉的前4天，2013年12月26日，陕西省文物局还针对商洛市文广新局《关于商洛市博物馆改扩建设计大云寺保护区有关问题的请示》，发出《关于商洛市博物馆改扩建设有关问题的意见》，重申了前述“陕文物函【2012】240号”意见的文件精神，并再次强调了报批程序。
即便如此，仍未能阻止商洛有关方面改造博物馆的“热情”。无论是商洛市政府2013年12月9日专项问题会议形成的前述《关于市博物馆提升改造有关问题的会议纪要》，还是12月30日商洛市博物馆与凯华公司签订的《改造拆迁补偿协议》，其内容均与陕西省文物局的意见相悖，在大云寺院内的“博物馆提升改造”工程随即开工。
针对这种情况，2014年5月，陕西省文物局发出“陕文物督字2014第1号”督察通知，要求商洛市文广新局查处在大云寺保护范围内进行的建设工程项目。刘作鹏说：“经省文物局多次督察，开发商才在2014年7月初停工。但他们仍在做下一步施工准备，如加固、平整、运送施工设备等。”
刘作鹏到任后，先后通过“上书”、向媒体披露的方式，意图促使商洛市政府作出决定，恢复大云寺原貌。“开发改造停止了，但开发商建在大云寺内的围墙还在，基坑还在。”
之后，商洛市博物馆一纸诉状，将凯华公司告上法庭，要求判令双方签订的《改造拆迁补偿协议》无效，并由被告凯华公司拆除建在大云寺院内的围墙等。2015年9月，商洛市商州区法院支持了商洛市博物馆的诉求。凯华公司上诉后，被商洛中院驳回。
刘作鹏说：“但凯华公司的违法施工，已经造成大云寺天王殿地基下沉，部分墙体及大殿立柱开裂。”
