开发商在大云寺院内的施工停止了，但从2015年11月下旬开始，凯华公司又在大云寺院外的一般保护范围内，动工开挖地基。
博物馆发公开信抗议违法施工
2015年12月2日，面对凯华公司的违法施工行为，商洛市博物馆将一纸公开信贴在工地围挡上表达抗议，并要求凯华公司“停止这种挑战法律底线的鲁莽行为”。
公开信称：“西街旧城改造是重点工程，但重点工程也必须遵守法律规定，在保护好历史文化遗产的前提下规划、设计、施工，而不能以牺牲历史文化保护区为代价。”
这封公开信，将商洛市主要领导推到了台前。
公开信指出：“贵公司在大云寺保护区内大兴土木，依据的是《商洛市西街片区旧城改造项目总平面规划图》，这个规划图虽然经过了市规划委员会主任、副主任签字批准。但是，我们必须指出，该规划图违反了《规划法》第四条之规定，违反了《文物保护法》第七、九、十六、十七条之规定，违反了2013年陕西省人民政府批准的《商洛市城市总体规划（2011—2020）》。”
西街片区旧城改造项目规划平面图，经时任商洛市市长、商洛市规划委员会主任陈俊签字审批，商洛市博物馆在一封公开信中，称这一规划图违反了规划法、文物保护法等的规定。
上述商洛市规划委员会主任即时任商洛市长、现任商洛市委书记陈俊。商洛市博物馆的这封公开信受到广泛关注，多家媒体予以报道。
2015年12月19日至20日，商洛市政府连续两次召集规划、文物等部门负责人召开会议，专题研究制定整改措施，要求以诚恳的态度接受媒体和各级的检查监督，确保以最快的速度整改到位。
此后，凯华公司将其实施博物馆提升改造项目时，在大云寺院内所挖基坑回填。
2016年12月20日，商洛市文广新局副局长闫玉宏告诉记者：“当时罚了开发商30万元。因为市委市政府对这个事情很重视，而不是因为博物馆发公开信才叫停。我们局里都叫不停，他（博物馆）能叫停？”对于开发商已经在大云寺一般保护区内建成的建筑，闫玉宏表示“正在完善手续。”
博物馆被通知不再负责大云寺保护
在抵制凯华公司违法施工的同时，2015年8月，商洛市博物馆应商洛市文广新局要求，着手重新编制大云寺保护规划。
刘作鹏称，在编制规划期间，有关领导曾多次过问，并要求将大云寺四周规划为商业项目，以契合旧城改造项目，但遭他拒绝。
为了广泛征询社会各界意见，2016年4月28日，商洛市博物馆将重新编制的大云寺保护规划（草案）在《商洛日报》上全文刊登公示。但该保护规划与凯华公司实施的西街片区旧城改造项目规划存在冲突。前者在不仅扩大了大云寺的保护范围，并且将周边规划为绿地等公共空间，而后者在大云寺周边规划的是商业项目。
正在这时，刘作鹏想不到的变化发生了。
“商市编办发（2016）37号”通知显示，4月19日商洛市机构编制委员会研究决定，设立商洛市文物保护管理中心，隶属商洛市文广新局管理，主要负责大云寺、城隍庙等文物的保护管理工作，商洛市博物馆不再担任上述职能。
