三星堆的考古发现是如此丰富和独特,这使三星堆成为一个学术热点,甚至拓展为一个具有持久吸引力的研究领域。学术界围绕这些发现进行了多层面、多维度的研究,由两个坑出土遗物的年代、特点、性质,扩展到文化面貌、文化源流、社会样态、宗教信仰、文化交流等诸多方面,形成了丰富的理论和解释体系。以器物坑的年代为例,学界始终存在两个坑同时和一早一晚两种认识,具体的年代最初有殷墟早期至春秋的多种看法,之后商代晚期的观点成为共识。对器物坑性质的认识分歧更大,主要观点有祭祀坑、宗庙与神庙祭祀器物埋藏坑、“厌胜”性埋藏坑、不祥宝器埋藏坑、灭国器物坑、盟誓遗存、封禅遗存等,还有不确定祭祀目的和对象的“埋藏坑”“器物坑”。影响最广的祭祀坑说中,曾出现过综合祭祀、自然神祇祭祀、百神祭祀、祖先祭祀、农业祭祀、迎敌祭祀、迁都祭祀、开国祭祀、亡国祭祀、王权交替、生殖崇拜等多种观点。在同一观点下,具体的解释往往也因人而异。至于坑内出土遗物的功能、用途、含义等,更是众说纷纭。
如此多样的认识在考古研究中并不多见。之所以如此,首先在于三星堆出土的遗物类别丰富、独特,在很大程度上超出了我们现有的知识范围。其次也在于研究方法存在巨大差异。比如是否设置了成都平原青铜时代开始年代的前提,进行比较研究时是否充分考虑到不同时代、不同地域、不同文化的考古材料的可比性,断代是从实物入手还是以文献或传说作为出发点,不同的方法都会导致不同的年代认识。对于器物坑和遗物性质的判定更取决于方法,如果缺乏综合的考察而仅由一类或几类遗物来得出结论,或者假设缺乏实在的证据,都会使解释出现无限多的可能性。在三星堆文化与中原文化、考古材料与文献材料的关系上采取不同的立场,也会带来不同的结论。