尽管如此，但时报与政府的冲突却从未消停：一战后期，时报曾刊发社论支持无条件的欧洲和谈，威尔逊总统勃然大怒，扬言要查封报社；克罗克主编反对罗斯福货币增发计划，并鄙视其为人，称之为“狐狸老弟”——照他的说法——罗斯福憎恨《纽约时报》，因为他无法控制这份报纸；丹尼尔主编暗讽杜鲁门在当选总统前曾与好友经营过一家专卖男装的店铺，“而且一度生意兴隆”；奥凯思主编公开谴责越战，并宣称肯尼迪不是传记《信仰在风中飘扬》的唯一作者，总统只能托人寻求私下和解——到1962年，纽约新闻从业人员大罢工，肯尼迪总统乃下令调停，试图借机插手时报事务，遭到时任华盛顿分社社长赖斯顿的强力反击：“美国总统不能审查纽约媒体。《权利法案》第一修正案明确禁止美国国会干涉媒体自由。”他在专栏中同时指出：国民需要知情权；随着美国在国际事务中作用日益增强，总统权力前所未有，因此需要一个新闻界。他以时报揭露的杜鲁门反对种族通婚的谈话，以及约翰逊高速开车时饮酒等丑闻为例（有人认为时报报道这类丑闻在全国煽动起不满情绪）对“新闻限制”加以反驳：既要看到批评的危险性，也要看到必要性——这类报道以事实为依据，至少可以使得政治人物在公共场合能“有所收敛”。对此白宫也是无可奈何，其结果往往也是不了了之，如艾森豪威尔总统曾破口大骂：“这个该死的赖斯顿自以为他是何等人物，竟然要教育我如何管理这个国家？”——但骂完之后仍要聆听秘书诵读他的社论；再如1966年，时报攻击尼克松的竞选伙伴斯皮罗·阿格纽，“完全不够格”。尼克松下令撤销这一社论；凯思根本未加理睬，相反又连发两篇社论。不久，时报业主苏兹贝格去世，尼克松率领随从进入以马内利会堂吊唁，以示和解——在强势的《纽约时报》面前，美国总统仿佛成了弱势群体。
《纽约时报》的底气到底从何而来？照它的创始人奥克斯先生的说法：《纽约时报》过去、现在和未来“将仍然为那些创造它的人说话，只为那些创造它的人，没有畏惧或偏爱地说出它认为的真理”。或者像本书作者特立斯接受访谈时所说：“牧师、银行家、政府，以及布什、奥巴马都不讲真话，谁也不会像时报那样探求真相。”没有总统，美国可能照常运行；没有时报，我们可能回到失去监督权的时代。这也应验了美国国父杰斐逊说过的话，如果让他来决定，美国到底应该有总统而没有报纸，还是应该有报纸而没有总统，他将毫不犹豫地选择后者。
