豪华的皇船和威风的官船
运河上装饰最为豪华、制作最为精美的船只，是专门供皇家使用的大黄船和小黄船，这些皇家船只用作皇帝出巡或者到南方征购皇宫御用的物品，如瓷器、海鲜、珍珠等。大黄船运载量在400料左右，小黄船100到200料之间（1料约合60公斤）。通州以前在运河最北端湾内曾有黄船坞，专门用于停泊大小黄船。皇家用船中还有一类是速度较快的快马船，既可作为装载进贡器物的运输船，也常常用作传递官方信息的哨船。
政府官船可说是五花八门。外形最具特色的就是瓜皮小艇，这种船是通州坐粮厅税科官员文书稽查征税的标识小船。小船舱棚居中，用两层竹片交搭为半圆形作龙骨，中间夹布或席，形似半个大西瓜扣在船上，故而俗称“瓜皮小艇”。小艇一般配备两位篙夫，小巧玲珑，能够轻便地穿行在各种船只当中，威风凛凛，不可一世。
每当漕船接近通州的时候，押运官、领运官就开始沿途盗卖粮米，或者转卖随船夹带的土特产，因而常常发生浅水处争航不让导致漕船慢行的情况。为防止漕粮交纳延误，这时就会有通州坐粮厅的漕粮官员乘船顺水而下，沿途查验督促来自全国各地的漕运船队，指挥暂泊，甚至一直到天津督催。这些监督漕运的官员乘坐的小型巡船和大型座船，常常放开船帆，划得飞快，毕现骄横跋扈之态。
专门供坐粮厅舍人乘坐的称为验粮小舟，平时停泊在石坝楼前，一望见南来的漕船，便飞快地划过去。舍人手捧着验粮托盘，坐在敞舱中，趾高气扬，因为查验漕粮是否合格的权柄掌握在他们手中。他们将取验的粮米盛在尾舱内，再飞速地返回送到验粮楼上，请厅丞、监察御史等官员查验。
还有一种比较特殊的官船，叫作“使节船”。明清政府与海外各国的联系比较密切，日本、朝鲜、南亚各国往往会派遣大量的人员或者商人到中国进贡、朝拜、经商，他们乘坐朝廷的使节船前往北京面见皇帝，如明代南亚苏禄国王与朝鲜人崔溥入京都是坐的此类船只。
由政府管理的船只还有一类是专门维系运河正常运转的功能船只。这类船只大多是民工役夫的工作用船，多的是辛苦劳作，少的是威风之气。常见的功能船有用于疏通沉沙壅塞、拓宽拓深河道的垡船，帮助迟来船只破冰返程的打凌船，用于堵住水流打桩筑坝的戗桩船，还有就是救援搁浅船只的捞浅船和救生所用的红船。
