1916年11月8日凌晨，蔡锷因喉结核病逝于日本福冈县九州帝国大学医院。死前口授遗嘱，共计四条，由随侍在侧的蒋方震（百里）等记录并发回故国：
“（一）愿我人民、政府，协力一心，采有希望之积极政策。（二）意见多由争权利，愿为民望者，以道德爱国。（三）此次在川阵亡及出力人员，恳饬罗督军、戴省长核实呈请恤奖，以昭激励。（四）锷以短命，未克尽力民国，应行薄葬。”
第四条属于谦辞，不得当真，倘若遵行，反而辜负了蔡锷的巍巍功业。对此，蒋方震向北京政府发送蔡锷遗电之后，不忘为其声辩：“……一年以来，恶衣菲食以戕其身，早作夜息以伤其神。向使蔡公早自知为肺疾，而身不与军旅，自可厚摄其生，以终其天年。乃以亢健之身心，值国家之多难，处僻远则觅医无从，在军旅则调摄无方，无非为今日致死之因。是蔡公身虽未死于疆场，实与阵亡者一例也。而临终之际，犹以未能裹尸于边檄为遗恨，其情可哀，其志尤可念也。”年底，国会议决，为蔡锷举行国葬。这是民国史上的首例。
第三条大抵得到了落实。不过这里要说两句题外话。罗督军即罗佩金，戴省长即戴戡。1916年8月，蔡锷离开四川，到日本治病，其四川督军职务由罗佩金代理，四川省长职务由戴戡代理。其实他本不愿罗佩金接任，而属意长期追随他的老同学殷承瓛，然而因罗佩金手握兵符，只好从权。在他看来，罗佩金性情褊急，私心自用，“我预料将来的客军（即参加护国运动在四川作战的滇军）必然要被川人驱逐出境，西南局面，重归纷乱”。结果正如其所言，足见眼力之佳。翌年，罗佩金、戴戡先后与川军将领刘存厚（也是蔡锷的老部下）开战，纷纷告负，戴戡战死，罗佩金下野，1922年惨死于土匪之手。
遗憾的是，最具分量、最关大局、最能体现蔡锷谋国之忠诚和苦心的第一、二条遗嘱，皆被置之不理，或弃若敝屣。话说回来，这两点理念，蔡锷此前屡有表达，遗嘱只是落幕的尾音。以第二条为例。决意反袁之时，蔡锷与其师梁启超相约：功成不在朝，兵败不亡命。后者以示担当，前者以示磊落：他们反抗袁世凯，不是为争权夺利，而是“为四万万人争人格”。1916年5月26日——此时袁世凯已经取消帝制，护国运动行将大功告成——蔡锷给如夫人潘蕙英写信：“……大局稍定，争权夺利者，必蜂拥以出，予素厌见此等伤心惨目之情状，不如及早避去之为得。一俟局势略定，即当抽身引退，或避居林泉，或游海外；为疗病计，以适国外为佳。”7月19日，他致电唐继尧、刘显世、戴戡：“……所谓善后问题者，俱易解决。惟关于个人之权利加减问题，最易为梗。今侪辈中果有三数人身先引退，飘然远翥，实足对于今日号称伟人、志士、英雄、豪杰一流，直接下一针砭，为后来留一榜样，未始非善。而锷处地位，纯系带兵官，战事既了，即可奉身而退，斯亦各国所同然。”此后他屡屡请辞四川督军、省长之职，除了病体难支，则为践前时之诺：功成身退，不争权利，为国人与后世表率。
蔡锷死后，张元济、丁怀瑾等人的挽联，皆可视为对其遗嘱的呼应。张联云：“为争人格，不得已而用兵，败勿亡命，济亦引退，砥柱中流，先生庶无愧矣；既负民望，宜知所以爱国，首轻权利，更重道德，良药苦口，后死者其听诸。”丁联云：“成不居首功，败不作亡命，誓师二语，何等光明，故一旅突兴再造共和；下无逞意见，上无争利权，遗书数言，如斯深切，问举国朝野奚慰英灵？”
