广州的形势已处于千钧一发之际，蒋介石致函孙中山，要求他早日回省，表示将“死守孤岛，以待先生早日回师来援”，以“巩固革命根据地之广州”。10月10日晨，孙中山给在广州的胡汉民、杨希闵、许崇智、刘震寰、古应芬、蒋介石、李福林等发来特急电报，明确表示：“商人罢市，与敌（指陈炯明，作者注）反攻，同时并举，叛迹显露，万难再事姑息。”“如果确有其事，则用干部及其他学生，协同福军（指李福林的军队，作者注）忠勇之士，临门劝告。”倘若劝告无效，商团执意要全面罢市，则应坚决果敢地武力平息叛乱。
这一天，广州市的工、农、兵、学、商等团体集会庆祝“双十”节，愤怒声讨商团和帝国主义的罪行。会后，举行游行，当队伍途经太平路时，蓄谋已久的商团军突然向手无寸铁的人群开枪射击。在西濠口的商团军也拦截游行队伍，残忍地屠戮被冲散的工人和学生。亲身经历这场血雨腥风的李朗如，在事过境迁多少年后，还能十分清楚地记得那个风雨如晦的时空场景：
当游行队伍从长堤转入太平南路时，突遭广州商团军开枪扫射，当场死亡有黄驹等数十人，被捕者数十人，受伤者不计其数。那些假充商团的土匪，把打死的人，刨肝剖肺，割头断脚。把那些死尸分成无数部分，拿到沿街示众。商团还在西关一带，将反孙倒孙标语，贴满墙壁及电灯杆上，如“驱逐孙文”“反对国民党”“孙文下野”等；又剪出报纸或孙中山像，剪开两截或两片，倒贴街上，有些双目被挖去，伴以一联曰：“一世只凭三寸舌，再来不值半文钱。”
革命已到了生死存亡的关键时刻，孙中山立刻成立以自己为主席的革命委员会，委员有许崇智、廖仲恺、汪精卫、蒋介石、陈友仁、谭平山。他命令革命委员会便宜行事，坚决弭平商团事变。10月15日，工团军、农民自卫军、黄埔学生军与滇、桂、湘、粤各军，分五路包围商团军驻所西关。商团军凭借铁栅栏和高楼，居高临下，开枪射击。商团反叛不得人心，在他们负隅抵抗时，西关内的工人已行动起来，放火焚烧他们盘踞的工事，熊熊烈焰之中，商团军鬼哭狼嚎，夺命而逃。
这场战斗只进行四个小时，商团军首恶分子便逃往香港，其余分子都被缴械投降。第二日，孙中山便电令胡汉民，“不必畏惧外人干涉”，将西濠口商团的大新公司占领充公。不多日，孙中山又电令胡汉民，凡所占领的商团各机关房所，一律充公，永不发还，“用作党所或书报社，以为此次殉难者之纪念事迹”。
孙中山弥留之际签署三份遗嘱
1924年10月，冯玉祥发动北京政变，电邀孙中山北上主持大局。
孙中山行前发表了《北上宣言》，主张速开国民会议，废除不平等条约，重申反帝反军阀的政治主张。他在北上之际，十分慎重地安排了广州事务，委派胡汉民代理大元帅职务，谭延闿负责北伐。他同意谭平山辞去组织部部长，起用另一名共产党杨匏安担任组织部部长，并将共产党员彭湃、阮啸先调入组织部。孙中山行前的这些人事安排，正是他从长计议，用心良苦之处，诚如美国哥伦比亚大学名誉历史教授韦慕廷所说：
这些任命证实了孙中山的决心，把党内的新鲜血液输送到负责的岗位上去。从国民党第二次全国代表大会拟议在数月之后召开这一事实来看，这些都是一些关键性的职务。
11月13日上午，孙中山偕夫人宋庆龄，还有汪精卫、李烈钧、戴季陶及秘书黄昌谷等20多人，乘永丰舰北上，经香港转乘春阳丸轮赴上海，又由上海取道日本抵天津。途中，孙中山针对英、美帝国主义者的挑衅，再次重申反对不平等条约，反对帝国主义的政治主张，表示：“这次单骑到北京，就是以极诚恳的意思去同全国人民谋和平统一。”在回答外界所传他将作大总统时，孙中山平静而又认真地说：“我的态度是决计推辞，中国一日没有完全独立，我便一日不情愿做总统。……我先要处于国民地位，同各国再交涉废除从前不平等的条约，脱离奴隶的地位，到那个时候，才再可以同国民说做他们大总统的话。”
