他的绘画风格影响了元代后期的画坛。元代著名书画家柯九思题商琦《山水图》诗云:“众奇百谲乌可名,笔力到处俱天成。王维久死唤莫起,此画一出疑更生。”又云:“集贤曾画嘉熙服,敕赐黄金拜舞归。从此人间画山水,清泉白石转晴晖。”元代宫廷尽管没设画院,但商琦实际上是宫廷高级画师。

元世祖忽必烈建立元朝,定都大都后,一改前朝用金银装饰皇家宫殿的做法,提倡用壁画点缀,这样既节俭,又有文化气息,并作为祖宗旧制被历代皇帝继承下来。一些豪门贵族、达官显贵也附庸风雅,请名画家在府邸厅堂内画山水、竹石、花鸟一类题材的壁画,所以元代壁画比较繁荣兴盛,佛教寺庙、道教宫观、宫殿皇室都时兴用壁画装饰,绘画内容也很广泛。

庙观壁画多是民间画匠所为,而皇宫和贵族豪宅的壁画多是文人、士大夫所作,商琦就是壁画之翘楚。仁宗曾命他画`壁,不用金朱粉彩,只用水墨,可见他的水墨山水、竹石画在当时堪称一绝。他一生绘壁画甚多,当时许多宫殿、贵族宅第的壁画都出自他的手笔。如当时的诗人丁复曾作诗记述商琦在仁宗太子府绘制壁画之事:“当时可人商德符,仁皇邸西作浮图。不喜神骏游八极,复爱胜绝罗寰区。素壁不得画神鬼,亦不得用金朱涂。但令水墨写河岳,苍松赤桧盘根株。”

商琦还为御史大夫也先帖木儿的府宅绘过壁画,赵孟頫有诗称赞曰:“大山崒嵂摩青天,小山平远通云烟。商侯胸中有丘壑,信手落笔分清妍。”元朝诗人朱晞颜也有《题开元商学士所作眉山春晓画壁》诗:“殊庭旭日移清樾,滉漾晴窗明积雪。山翁解带凌清寒,一扫穷阴幻银阙。流澌溶泄春浪生,峨眉洗妆鬟髻青。盘空飞磴三百里,仿佛中有巴猿声。参差古木缘云立,独拄西南天半壁。卧看参井悬高秋,不假丹梯手亲摘。人间无此山水佳,何年瀛海来仙崖。不应苍翠掩春昼,云气日夕屯空斋。”