位于淮安的总督漕运部院尚保存完好
通州漕运码头上的箭楼
京杭大运河始建于春秋时期，距今已有2500多年的历史。在这漫长的岁月中，如何加强对运河和漕运的管理，一直是历代统治者所面临的问题。随着漕运在社会政治与经济生活中所占的地位愈加重要，专门的漕运衙门也就应运而生。
史书上关于漕运专业管理机构的最早设置年代是隋朝，当时设有漕运专署。到了宋朝，除设有江淮转运使外，北宋还在开封设排岸司和纲运司，将漕运分为两个系统：排岸司负责运河工程管理及漕粮验收、入仓，纲运司负责随船押运。北宋时运河所经的曹郓济泗等州和广济军均设排岸机构，共有15名指挥和7500名兵士，汴京则有排岸分司四处。据《宋会要》记载：“汴京四排岸司：东司在广济坊，掌汴河东运，江淮等路纲船输纳及粮运至京师，分定诸仓交卸，领广济装卸，役卒五指挥，以备卸纲牵驾，以京朝官二人充任。西司在顺城坊，领汴河上漕，以京朝官一人负责装卸；南司在建宁丰台，领惠民河、蔡河，京朝官一人充任，广济两指挥一千人为额；北司在崇宁坊，建隆三年置，领广济河，以京朝官一人充任。”从管理上看，纲运司服从排运司的调度，验收、卸粮、入仓等重要环节均由排岸司主持，业务上两司之间有比较严格的交接制度。
北京的漕运衙门主要是在元明清时代设立的。据史料记载，元代以来，各代在通州均设管理漕运事务的衙署。元代设督漕运司，明代因修建宫室、城垣、定陵和北部长城，对运河水运更为重视，在北京设仓场总署，由户部管理，并在通州设有尚书馆、户部分司、坐粮厅公署、监督主事公署、巡仓公署、巡漕公署等近40个办事机构，衙署遍布通州城内。清依明制，依旧在通州设置户部坐粮厅署、仓场总署、漕运厅署等大小衙署数十处。另外，江苏、浙江、江西等漕运总局、会馆等也设在通州。
