第三个因素主要是宗教和哲学上的，这在该书最后一篇论文中有比较集中的论述。李约瑟指出，“正如尘世的君主颁布了实在法让人们遵守，天界至高的理性造物主也颁布了一系列的法让矿物、晶体、动植物和星辰遵守”（280页），这一源自巴比伦和希伯来的自然法传统，为基督教神学所继承，启发了诸多基督教背景的科学家去寻找“上帝赋予自然的法则”，促成了牛顿范式的机械宇宙观的形成，进而对现代科学的兴起发挥了相当重要的作用。与此相对的，是传统中国几乎完全没有产生过机械宇宙观，而一直秉承有机宇宙观，“万物之所以能够和谐并作，并不是因为有一个外在于它们的最高权威在发布命令，而是因为它们都属于一个等级分明的整体，各个部分形成了一种有机的宇宙样式，它们服从的乃是自身本性的内在命令”（309页）。中国人不是不相信自然之中有秩序，而是不相信自然秩序是由一个理性的立法者规定的，从而也就“不认为可以通过观察、实验、假说和数学推理等方法来破解或重新表述”（25页）。因此有机宇宙观并不鼓励数量化的观察和解释，也不能促使形成牛顿范式的机械宇宙观。李约瑟举了一个有趣的例子来说明这种区别。欧洲中世纪法庭曾多次对动物做出审判和刑事起诉，比如判处产卵的公鸡犯了“令人发指的违反自然之罪”而处以死刑；而在中国，公鸡产卵这样的异象只会让人们视为上天的“谴告”，地位被危及的将是皇帝或地方官，而不是产卵的公鸡。他说，伴随着宇宙演化论、生物演化论和社会演化论，二十世纪的科学已经重新回到了有机论世界观，“但谁能说那个牛顿阶段不重要呢？”（309页）事实上，李约瑟觉得那是必不可少的，他说道家“在未奠定牛顿式世界图景的基础之前就在摸索一种爱因斯坦式的世界图景”，而“科学沿着这条道路是不可能发展的”（294页）。
李约瑟的解释，定然不会是最终的解释。李约瑟难题之所以比李约瑟的回答更有名、更持久，其中一个重要的原因正是因为这个问题并未获得盖棺定论式的最终解释，其中值得商榷的地方仍复不少，还有很大的努力空间。举例来说，艾尔曼2005年出版的On Their own terms: Science in China（中文版《科学在中国（1550-1900）》，原祖杰等译，中国人民大学出版社2016年版）虽自称不愿“纠缠于为什么中国人没有完成欧洲人的创举”，而力图呈现“中国人在其言辞和实践中，以他们自己的方式所表现的对自然研究的兴趣”，但仍处处在回应李约瑟。此外，李约瑟的解释，正如有些学者指出的，隐含着欧洲中心论倾向，大体上，他先是探求欧洲科学革命发生的原因，再在中国历史语境中寻找相似的因素。这样的评论有其道理，然而我们同时也要看到，李约瑟在他的时代做出了卓越的努力，他不仅以丰富的证据刷新了“中国无科学”的成见，对“中国停滞论”提出了强力的驳斥，他还力图呈现和解释中国相较于西方的特殊性，所以他的工作正是要驳斥欧洲中心论、西方中心论和单线进化论。还有人指出，从世界范围来看，世界上其他地方没有发生科学革命是正常现象，欧洲发生科学革命倒是一个例外，所以需要解释的是欧洲为什么发生科学革命和近代的跨越式发展。“为什么没有发生无需解释”，恐并不是很好的批评，这等于是要取消比较。任何研究总是需要比较，因为没有比较就不会有参照物，就建立不起坐标系，更不会有庐山之外的观照点。世界上并不存在完全相同的两个事物，所以任何意义上的比较，总是在不完全相同的事物之间展开的，只要其差异程度仍然在某一范围之内，有差别的事物之间仍是可以进行比较的。举例来说，“欧洲为什么发生科学革命”就是把欧洲与其他文明做比较之后才提得出来的问题，甚至有与无也是比较之后才能得出的结论。实际上，李约瑟难题引发的比较研究，大幅强化了我们对中西文明特质的理解。比如说，以有机宇宙论来概括传统中国的宇宙观，就是一个深刻的洞见，对理解中国人特殊的信仰传统也极具启发意义。
录入编辑：洪振雷
